Importera dina data (version 5.3 och högre) - LabCollector

Sök kunskapsbas efter nyckelord

Du är här:
← Alla ämnen
Tillgänglig för ALLA användare utom behörighet på användar- och besökarnivå

 Förbered din LabCollector databas. Innan du importerar data måste du konfigurera modulen du importerar data genom att skapa de fält som du behöver och lägga till möjliga värden där det behövs. Se vår KB-Skapa anpassat fält 5.2v för mer information om hur du skapar anpassade fält.
Se till att ditt PHP har ökade gränser: max_input_vars = 10000 XNUMX eller mer (se KB-Importera stora filer).

Gå till: ADMIN > Data > Importera och välj den modul dit du vill importera dina data (en fil per modul).

 Dataimport fungerar bara med CSV eller annan textfil med avgränsad data (förutom sekvenser och molekyler som importerar) och inte direkt från Excel (förvänta dig om du kopierar/klistrar in dina data, se nedan punkt 2), Access eller annan programvara. Du kan konvertera dina data till textformat (textfil med DOS-radbrytning) med valfria fältavgränsare från Excel eller andra databastyper. För Mac OS-filer, spara dem som CSV för Windows-format.

Stam och celler – Prover – Reagens och tillbehör – Antikroppar – Plasmider – Primers – Djur – Utrustning – Adressbok – Anpassade moduler

Välj en av modulerna ovan och följ dessa steg.

1. Du kan använda olika filer för att importera dina data: två sådana filer erbjuds av LabCollector innehålla alla fält i den modul du väljer antingen med förklaringstiteltaggar eller databasnamntiteltaggar i CSV-format; annars kan du skapa din egen fil med namnen på dina fält i den ordning du föredrar. Fältnamnen måste dock matcha de exakta namnen som de finns i ett av LabCollectors filer.
Förklaringsnamnet är namnet på fältet i modulposten, formuläret eller i listan över fält i standard-/anpassade fältområden som du ger till fältet. Databasnamnet är tillgängligt i områdena för standard/anpassade fält och undantaget från specialtecken.


Organisera din fil så att den har alla fält du vill importera. Den första raden motsvarar fältnamnen. Ett fält för kolumn.

Importerad data MÅSTE INNEHÅLLA fält relaterade till namn (om du har ställt in din modul med Automatisk namngivning, lämna kolumnen tom) och ägaren (såvida du inte väljer att skriva över importerade ägare i avancerade alternativ – se nedan – eller så använder modulen inte ägarfältet som i modulen Reagens och tillbehör).
Spara den här filen i txt (Tab) eller CSV (komma eller semikolon som separator).

2. Ladda upp din fil eller kopiera/klistra in raderna du vill importera, ALLTID med den första raden som motsvarar fältnamnen.
Kopiera/klistra in från excel är väldigt enkelt: välj de celler du vill klistra in och kopiera dem i fältet, glöm inte rubrikerna!

3. Välj fältavgränsare. Om du kopierar/klistrar in från Excel, välj TAB-avgränsaren.

4. Kontrollera dina data innan du väljer att bekräfta. Du kan kassera importen om det är ett misstag.

Avancerade alternativ:
Markera rutan uppe till höger för att öppna avsnittet med alternativ.

S. Som standard kodas tecknen med ISO-8859-1. Det gör att du kan importera de flesta specialtecken som bokstäver med grav, akut, diaeresis, circumflex... UTF-8 måste användas för något språk (t.ex. kinesiska, grekiska...) om du använder programvara som låter dig spara i CSV med UTF- 8 som kodning (till exempel LibreOffice).

B. Om din excel-fil inte har Ägare/Huvudoperatör/Ansvarig/Författare (beroende på modul – Reagens & Supplies och Adressboksmoduler har inte ägarfält), eller om du vill skriva över detta fält, välj en ägare i listan. Administratörer kan importera data under vilket namn som helst. Personal kan endast importera under eget namn. Notera: Från och med version 5.4 Ägare-fältet är ett valfritt fält i Reagents & Supplies.

C. Du kan välja att importera till en väntelista. När det gäller lägesanvändaren måste en administratör validera data under ADMIN > Data > Väntelista. 

D. Om du har konfigurerat din utrustning med alternativet automatisk lagring kan du komma åt denna lagring direkt här. Du har inte valet av box/plats, LabCollector tilldelar all lagring automatiskt.

Under steg 2 har du möjlighet att kontrollera importresultatet innan den slutliga valideringen.

  • Om det inte finns något fel i din fil kan du bekräfta importen.

  • Om du har glömt ägarekolumnen eller glömt att välja en ägare i urvalslistan under Avancerade alternativ får du detta felmeddelande

  • Om du använder en ägare som inte finns i labbmedlemslistan eller gör ett misstag får du detta felmeddelande

  • Om du har glömt namnkolumnen eller valt fel fältavgränsare får du detta felmeddelande

  • Om din modul är inställd som Blockera dubbletter under ADMIN > Inställningar > Postalternativ och du importerar samma namn två gånger får du detta meddelande

  • Kryssruta och vallista kan importeras. Värdet måste matcha de exakta värdena i LabCollector. Om värdet som används i importfilen är fel får du detta meddelande. Om du väljer att importera kommer fel värde inte att importeras.

  • Flervalslista och kryssrutor kan innehålla flera värden. Värdet måste matcha de exakta värdena i LabCollector och vara åtskilda av | (CTRL+ALT+6) eller ett kolon (:). Inför inte utrymme före och efter separatorn. Om värdet som används i importfilen är fel får du meddelandet nedan. Om du väljer att importera kommer fel värde inte att importeras.

  • Fälten "Länk till" och autoslutförande kan importeras. För "Länk till"-fältet måste värdet i din fil matcha det exakta namnet på posten i LabCollector och vara åtskilda av | (CTRL+ALT+6) eller ett kolon (:). Inför inte utrymme före och efter separatorn. Om ett värde som används i importfilen är fel, kommer fel värde inte att importeras. Autokompletteringsfält är ett textfält, om namnet på posten finns skapas en länk; om inte finns texten tillgänglig

  • Ny version 5.41! Importsystemet tillåter detektering av unikhet för Valfritt unikt kodfält och anpassat fält med unikhetsalternativet aktiverat.

 Varje importerad post kan ha en projektkod. Varje projektkod som används måste redan finnas i LabCollector för en korrekt import.

 Anpassade fält som t.ex Databasuppladdning och Ladda upp diskmapp kan inte importeras. Använd det kostnadsfria tillägget Uppladdning av anpassad fältfil.

 Datumet måste formateras som åååå-mm-dd eller åå-mm-dd, för mer information läs KB-Formatera datumvärde.

Genotyp

Genotyptaggar måste separeras med ett mellanslag.

Sekvenser


Du kan ladda upp din .FASTA-fil direkt (inte .fas) formaterad som:

>FN598458.1 Oodlad phyllopharyngid ciliat partiell 18S rRNA-gen, klon GM2_C8
ACCTGGTTGATCCTGCCAGTAGCATATGCTTGTCTTGGAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAGTTA
TACAAGGCGAAACTGCGAATGGCTCATTAAAACAGTTATAATTTATTTGACGATTGCCTTATATGGATAA
CCGAGGGAAACTTCAGCTAATACATGCTTGTCATTTGACGTATTTATTAGTTCCACCGATGGCTTAGGCC
TTTTGATGATTCATGATAACTGATCGAAGCGATTTCGCTACGTCATTCAAGTTTCTGCCCTATCAGCTCT
GATTGTAGTGTATTGGACTACAATGGCTATTACGGGTAACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAAGGA
GCCTGAGAAACGGCTACTATGTCTACGGATAGCAGCAGGCGCGTAAATTACCCAATTGTAAATCACAGAG

och välj DNA, RNA eller proteintyp. Du måste också välja ägaren till importsekvenserna (som standard den person som är kopplad till kontoinloggningen).

När du går vidare till steg 2 får du:

Obs: Du kan också importera sekvenser från GenBank genom Sekvenser modul.

Kemiska strukturer
För MOL- och SDF-filformat måste din fil formateras med 3 rubrikrader eller valfria taggar (ange antalet taggar)

För CDX-filformat kan du ladda upp flera filer eller ZIP-filer.

Resultat från steg 2:

Dokument
Ladda upp din fil som för andra moduler. Du kan också associera dina dokument med dokumenten.


Lägg till kolumnen original_filnamn som innehåller det exakta namnet på dokumentet du vill importera till din importfil eller klistra in rader som i exemplet nedan.
Ladda sedan upp din importfil OCH alla dokument du vill importera (flera filer enligt nedan eller en zip).

I steg 2 kan du kontrollera namnet på dina dokument.

Resultat i databasen efter import: