Den genetiske testingsprosessen for farskap og slektskap kan gjøres mer effektiv ved å bruke vår LSM-tillegg , som sikrer automatisering av prøve-/testforberedelse og analyseprosessen, og ved å tilby et brukervennlig grensesnitt for resultatanalyse, gjør LSM det mulig å utføre farskapsgenetisk testing med økt nøyaktighet, hastighet og effektivitet.

Den genetiske analysen på prøvene kan gjøres ved hjelp av en rekke metoder, inkludert PCR (polymerasekjedereaksjon), RFLP (restriksjonsfragmentlengde polymorfisme) eller neste generasjons sekvensering (NGS). Valget av metode vil avhenge av ønsket nivå av nøyaktighet og ressursene som er tilgjengelige i laboratoriet, uansett hvilken metode du velger, har LSM-tillegget vårt dekket, siden det kan sømløst integrer med en hvilken som helst maskin/instrument som laboratoriet ditt måtte ha.

I den følgende kunnskapsbasen vil vi veilede deg gjennom en trinnvis prosess for hvordan du kan utføre en farskaps-/relasjonstesting ved hjelp av LSM:

1. Opprett en jobb i LSM
2. Legg inn pasientjournaler
3. Bruk Parser-tillegget for å legge inn analyseresultater
4. Last ned rapporten
5. Eksempel

Trinn 1: Opprett en jobb i LSM

Første steg er å skape jobb i LSM. For å gjøre det, følg ganske enkelt trinnene nedenfor:

• Åpen LabCollector og gå til LSM-tillegget
• Klikk på "Jobb" plassert i øverste høyre hjørne, deretter på "Legg til jobb” i rullegardinmenyen for å opprette en ny jobb.
• Velg "Farskaps-/relasjonstest". Vær oppmerksom på at du alltid kan lage en modell dedikert for alle typer tester du ønsker. For å gjøre det, naviger ganske enkelt til Admin -> Innstillinger -> Modeller (som vist på skjermbildet nedenfor).

• Du kan deretter skrive inn navnet på modellen, dens beskrivelse, standard prøvetype og velge prøve-/jobbparametrene du vil skal vises i prøve-/jobbskjemaet. Når du er ferdig, klikk på "send", gå deretter til Admin -> Oppsett -> Jobbforespørsler, og klikk på Aktiver modeller (som vist under).

• De opprettede modellene vil da vises direkte i Jobb nedtrekksmenyen.

• Etter at du har valgt den tilsvarende jobben du vil opprette, fyller du ganske enkelt ut alle nødvendige detaljer, for eksempel jobbnummer, jobbdato, beskrivelse, navn på rekvirenten og all annen nødvendig informasjon.

Trinn 2: Legg inn pasientjournaler

• Når du har opprettet jobben, er neste trinn å legge inn de tilsvarende pasientjournalene (du kan også utføre dette trinnet før du oppretter jobben). Først må du sørge for at du oppretter journalene for hver pasient innenfor det aktuelle LabCollector modul.
• For eksempel kan du åpne opp pasientmodul og fortsett for å opprette en ny post ved å klikke på knappen plassert i øverste høyre hjørne.

• Skriv deretter inn alle nødvendige detaljer for hver av pasientene som er involvert i farskaps-/slektskapstesten, inkludert informasjon som navn, fødselsdato, kjønn og andre relevante data.
• Gå tilbake til LSM og koble pasientjournalene du nettopp har opprettet til jobben du tidligere la til i trinn 1, ved å velge dem i saksjournallisten (som vist i skjermbildet nedenfor).

• Forhåndsvelg tilleggsdata, for eksempel typen "påstått" forhold mellom pasientene ("far", "bestefar", "tante", ...), deres etnisitet, prøvetype, ... osv.

Trinn 3: Bruk Parser-tillegget for å legge inn analyseresultater

• Når du har lagt inn pasientjournalene, er neste trinn å bruke parser-tillegget til å legge inn analyseresultatene. Parser-tillegget lar deg legge inn Excel- eller CSV-filer generert av maskinen som utførte analysen. Følg disse trinnene for å bruke tillegget:
• Åpne parser-tillegget i LabCollector
• Velg riktig mappe og importer deretter Excel- eller CSV-filen som inneholder analyseresultatene.

• I-Collector vil da automatisk legge inn parameterens verdier til de tilsvarende boksene, TP (testet person), R1 (relatert 1)og R2 (relatert 2).

• I-Collector vil også validere jobbprosessen og generere en rapport, som du deretter kan laste ned som PDF-format.

Trinn 4: Last ned rapporten

Det siste trinnet er å laste ned rapporten, som vil inkludere prosentandelen av forholdet og alle andre relevante resultater. Følg disse trinnene for å laste ned rapporten:

• Klikk på tannhjulikonet ved siden av jobben du vil laste ned rapporten for.
• Klikk på "Report"Fanen.
• Velg rapporttypen du vil laste ned.
• Last ned og se gjennom rapporten.

Eksempel:

For å bedre illustrere hvordan man utfører farskaps-/relasjonstesting ved hjelp av LSM, la oss vurdere et eksempel:

Anta at John og Mary er de angivelige foreldrene til Jack, og laboratoriet har fått DNA-prøver fra hver av dem. Brukeren bør opprette poster for John, Mary og Jack in LabCollector, inkludert navn, fødselsdato, kjønn og annen relevant informasjon. Brukeren bør også koble postene til LSM og forhåndsvelge type antatt forhold, i dette tilfellet far og mor.

Det neste trinnet er å analysere DNA-prøvene ved hjelp av en genetisk analysator og generere en Excel/CSV-fil med resultatene. Brukeren bør deretter laste opp filen til Parser og data vil automatisk bli injisert i de tilsvarende fanene/casene takket være I-collector.

Anta at laboratoriet analyserte 15 loci og fant følgende alleler:

Systemet vil automatisk beregne sannsynligheten for forholdet mellom Jack og John/Mary og generere den tilsvarende rapporten.

Brukeren kan deretter laste ned rapporten som viser prosentandelen av forholdet mellom Jack og John/Mary, sammen med annen relevant informasjon som lociene som er analysert, allelene funnet og de statistiske parameterne som brukes i beregningen (f.eks. allelfrekvenser, Hardy- Weinberg likevekt, etc.). Rapporten kan også inkludere eventuelle tilleggsnotater eller kommentarer lagt til av brukeren.