YHTEENVETO:

Sisällä LabCollector  on olemassa 13 oletusarvoisesti moduulit, joiden joukosta löydät plasmidit moduuli

Tämä moduuli tarjoaa mahdollisuuden tuoda plasmideja, mutta myös luoda omia plasmideja Plasmidikarttaeditori. Mutta jotta voit käyttää tätä ominaisuutta ja pystyä luomaan plasmideja, sinun on noudatettava alla olevia vaiheita.

In Plasmidikarttaeditori, sinulla on kaksi vaihtoehtoa luoda plasmidi, joko teet yhden muokkaamalla perusrakennetta (käyttääksesi tätä ominaisuutta sinun tarvitsee vain napsauttaa ), tai luo sellainen tyhjästä tuomalla sen vastaava DNA-sekvenssi (jos haluat käyttää tätä ominaisuutta, sinun on napsautettava ).

1. Suunnittelutila

• Mene PLASMIDI MODULI -> PLASMIDI KARTTAMUOKKAUS

• Voit myös muokata jo olemassa olevaa plasmiditietuetta napsauttamalla sitä ja valitsemalla sitten 'Sarja ja kartta"vaihtoehto.

• Kun olet valmis, näet alla olevan sivun.

• 1. Täällä voit syöttää plasmidit nimi ja se on koko emäspareina (bp). Voit myös lähentää ja loitontaa plasmidia 'säde"vaihtoehto.
• 2. Tämä alue antaa sinulle esikatselun siitä, miltä plasmidisi näyttää muokatessasi sitä.
• 3. Ominaisuudet -osion avulla voit lisätä esimerkiksi an ORF (Avoin lukukehys), an TAI (Replikaation alkuperä) tai antibiootti (tetrasykliini, ampisilliini jne.). Alla on kuvakaappaus, jossa on esimerkki joistakin lisättävistä ominaisuuksista.

Et voi visualisoida ominaisuutta, ellet napsauta painiketta.

• 4. Täällä voit syöttää "Lisämerkinnät", kuten koodaussekvenssit (CDS) tai alukkeen sitoutumiskohtia. Voit myös lisätä muita tarvitsemiasi lisämerkintöjä. Alla on kuvakaappaus, jossa on esimerkki lisättävistä huomautuksista.
  
• 5. GenBank Annotations voit lisätä huomautuksia suoraan GenBankista. Oletetaan esimerkiksi, että olet ladannut plasmiditiedoston GenBankista ja ladannut sen plasmidimoduuliin. Jos haluat lisätä samat merkinnät kuin GenBankissa, voit sitten visualisoida ja lisätä ne plasmidiisi rastittamalla "Sisällytä GenBank-merkinnät"Laatikko.
• 6. Voit myös lisätä Rajoitussivustot plasmidillesi. Katso esimerkki alla olevasta kuvakaappauksesta.

• 7. Kun olet valmis, voit tallentaa plasmidin napsauttamalla Tallenna-painiketta sen jälkeen, kun olet antanut sille nimen, ja se lisätään automaattisesti plasmidimoduuliin.

2. Piirrä sekvenssistä

• Kerran sisällä Plasmidikarttaeditori, Klikkaa sijaitsee yläosassa. Näet sitten alla olevan sivun.

• 1. Täällä voit kopioida ja liittää DNA-sekvenssin, joka vastaa luotavaa plasmidia (kuten yllä olevassa kuvakaappauksessa näkyy).

• 2. Tässä on luettelo kaikki saatavilla olevat entsyymit (vasemmalla) ja toinen välilehti oikealla restriktioentsyymejä, joita aiot käyttää kun tuot DNA-sekvenssiäsi.
  • Voit valita entsyymin vasemmasta välilehdestä ja napsauttaa Lisäyspainike lisätäksesi sen luetteloon entsyymeistä, joita olet valmis käyttämään, ja voit myös poistaa käyttöön valmiit entsyymit valitsemalla ne ja napsauttamalla poista-painiketta , ne siirretään sitten automaattisesti takaisin saatavilla olevien entsyymien luetteloon.
• 3. Tässä on taulukko, jossa on luettelo erilaisista geneettisistä koodeista, jotka voit valita riippuen kodonitaulukosta ja lajityypistä, jonka kanssa työskentelet. (Katso alla oleva kuvakaappaus saadaksesi täydellisen luettelon kodonitaulukoista, joita voit käyttää).

• 4. Kun olet valmis, napsauta "Tuo ja piirrä!” -painiketta nähdäksesi plasmidisi (alla on esimerkki plasmidista, joka on luotu sen DNA-sekvenssin perusteella).

Aiheeseen liittyviä aiheita:

• nähdä kuinka ladata/tuoda tietoja plasmidi- ja sekvenssimoduuleissa
• Tarkista tietokantaamme aiheesta LabCollector Yleisen asennuksen versio 6.11
• Tarkistaa miten lisäosat asennetaan
• nähdä kuinka tehdä haku sisään LabCollector