РЕЗЮМЕ:

Вътре LabCollector  има 13 по подразбиране модули, сред които можете да намерите плазмиди модул

Този модул не само ви предлага възможността да импортирате плазмиди, но и да създавате свои собствени с помощта на Плазмиден редактор на карти. Но за да получите достъп до тази функция и да можете да създадете вашите плазмиди, ще трябва да следвате стъпките по-долу.

In Плазмиден редактор на карти, имате две опции за генериране на плазмид, или създавате такъв чрез модифициране на базов дизайн (за да използвате тази функция, всичко, което трябва да направите, е да щракнете върху ), или създайте такъв от нулата, като импортирате съответната му ДНК последователност (за да използвате тази функция, трябва да щракнете върху ).

1. Режим на проектиране

• Отиди МОДУЛ ПЛАЗМИДИ -> РЕДАКТОР НА КАРТИ НА ПЛАЗМИДИ

• Можете също така да редактирате вече съществуващ запис на плазмид, като щракнете върху него и след това изберете „Последователност и карта"опция.

• След като приключите, ще видите страницата по-долу.

• 1. Тук можете да въведете плазмидите име и неговата размер в базови двойки (bp). Можете също така да увеличавате и намалявате плазмида с „радиус"опция.
• 2. Тази област ви дава предварителен преглед на това как изглежда вашият плазмид, докато го редактирате.
• 3. Характеристики: раздел ви позволява да добавите, например, an ORF (Отворена рамка за четене), ан ORI (Произход на репликация) или антибиотик (тетрациклин, ампицилин и др.). По-долу има екранна снимка с пример за някои функции, които можете да добавите.

Няма да можете да визуализирате функцията, освен ако не щракнете върху бутон.

• 4. Тук можете да въведете „Допълнителни анотации“, като например кодиращите последователности (CDS) или места за свързване на праймера. Можете също да добавите всяка друга допълнителна анотация, която ви е необходима. По-долу има екранна снимка с пример за някои анотации, които можете да добавите.
  
• 5. Анотации на GenBank ви позволява да добавяте анотации директно от GenBank. Например, да кажем, че сте изтеглили файл с плазмид от GenBank и сте го качили в модула за плазмид. Ако искате да добавите същите анотации като присъстващите в GenBank, можете да изберете да ги визуализирате и да ги добавите към вашия плазмид, като поставите отметка в „Включете анотации на GenBank" кутия.
• 6. Можете също да добавите Рестрикционни сайтове към вашия плазмид. Вижте екранната снимка по-долу за пример.

• 7. След като приключите, можете да запазите своя плазмид, като щракнете върху бутона за запазване, след като му дадете име, и той автоматично ще бъде добавен в модула за плазмиди.

2. Начертайте от последователност

• Веднъж вътре в Плазмиден редактор на карти, кликнете върху разположен на върха. След това ще видите страницата по-долу.

• 1. Тук можете да копирате и поставите ДНК последователността, която съответства на плазмида, който искате да генерирате (както е показано на екранната снимка по-горе).

• 2. Тук имате списък с всички налични ензими (вляво) и друг раздел, разположен вдясно за рестрикционни ензими, които ще използвате при импортиране на вашата ДНК последователност.
  • Можете да изберете ензим от левия раздел и да щракнете върху Добавете бутон за да го добавите към списъка с ензими, които искате да използвате, и можете също да премахнете тези, които са готови за употреба, като ги изберете и след това щракнете върху бутона за премахване , те ще бъдат автоматично прехвърлени обратно към списъка с налични ензими.
• 3. Тук имате таблица със списък от различни генетични кодове, които можете да изберете в зависимост от таблицата на кодоните и вида на вида, с който работите. (Вижте екранната снимка по-долу за пълния списък с кодонови таблици, които можете да използвате).

• 4. След като приключите, щракнете върху „Импортирайте и рисувайте!”, за да видите вашия плазмид (по-долу е пример за плазмид, генериран въз основа на неговата ДНК последователност).

Свързани теми:

• виждам как да качвате/импортирате данни в модули за плазмид и последователност
• Проверете нашата база от знания относно LabCollector Обща настройка версия 6.11
• Проверка как да инсталирате добавки
• виждам как да извършите търсене в LabCollector