Імпорт даних (версія 5.3 і вище) - LabCollector

Пошук у базі знань за ключовими словами

Ти тут:
← Усі теми
Доступно для ВСІХ користувачів, крім дозволу на рівні користувача та відвідувача

 Підготуйте свій LabCollector бази даних. Перш ніж імпортувати дані, ви повинні налаштувати модуль, який ви імпортуєте, створивши необхідні поля та додавши можливі значення, де потрібно. Дивіться наш KB-Create custom field 5.2v для отримання додаткової інформації про створення спеціальних полів.
Переконайтеся, що ваш PHP має збільшені обмеження: max_input_vars = 10000 або більше (див KB-Імпорт великих файлів).

Перейти до: АДМІНІСТРАТОР > Дані > Імпорт і виберіть модуль, куди ви хочете імпортувати дані (один файл на модуль).

 Імпорт даних працює лише з CSV або інший текстовий файл із розділеними даними (за винятком імпорту послідовностей і молекул), а не безпосередньо з Excel (окрім того, якщо ви скопіюєте/вставите свої дані, див. нижче пункт 2), Access або іншого програмного забезпечення. Ви можете конвертувати свої дані в текстовий формат (текстовий файл із розривом рядка DOS) із роздільниками полів на ваш вибір із Excel або інших типів баз даних. Файли Mac OS збережіть у форматі CSV для Windows.

Штами та клітини – Зразки – Реагенти та матеріали – Антитіла – Плазміди – Праймери – Тварини – Обладнання – Адресна книга – Спеціальні модулі

Виберіть один із модулів вище та виконайте наведені нижче дії.

1. Ви можете використовувати різні файли для імпорту даних: два таких файли пропонуються LabCollector містить усі поля в модулі за вашим вибором або з тегами заголовка легенди, або з тегами назви бази даних у форматі CSV; інакше ви можете створити власний файл із іменами ваших полів у тому порядку, який вам подобається. Проте назви полів мають точно збігатися з іменами в одному з LabCollectorфайли користувача.
Ім’я легенди — це ім’я поля в записі модуля, формі або в списку полів у областях типових/спеціальних полів, які ви надаєте полю. Ім’я бази даних доступне в областях типових/спеціальних полів і не містить спеціальних символів.


Упорядкуйте свій файл, щоб мати всі поля, які потрібно імпортувати. Перший рядок відповідає назвам полів. Одне поле за стовпцем.

Імпортовані дані ПОВИНЕН МІСТИТИ поля, пов'язані з ім'я (якщо ви налаштували свій модуль із автоматичним іменуванням, залиште стовпець порожнім) і власник (якщо ви не виберете перезаписати імпортованих власників у розширених параметрах – див. нижче – або модуль не використовує поле власника, як у модулі Reagent & Supplies).
Збережіть цей файл у txt (Tab) або CSV (кома або крапка з комою як роздільник).

2. Завантажте свій файл або скопіюйте/вставте рядки, які ви хочете імпортувати, ЗАВЖДИ так, щоб перший рядок відповідав іменам полів.
Копіювати/вставляти з Excel дуже просто: виділіть клітинки, які потрібно вставити, і скопіюйте їх у поле, не забудьте про заголовки!

3. Виберіть роздільник полів. Якщо ви копіюєте/вставляєте з Excel, виберіть роздільник TAB.

4. Перевірте свої дані, перш ніж вибрати підтвердження. Ви можете відхилити імпорт, якщо є помилка.

Додаткові параметри:
Угорі праворуч поставте прапорець, щоб відкрити розділ параметрів.

В. За замовчуванням символи кодуються за стандартом ISO-8859-1. Це дозволяє імпортувати більшість спеціальних символів, таких як літери з серйозним, акутом, діарезою, циркумфлексом… UTF-8 потрібно використовувати для деяких мов (наприклад, китайської, грецької…), якщо ви використовуєте програмне забезпечення, яке дозволяє зберігати у CSV за допомогою UTF- 8 як кодування (наприклад, LibreOffice).

B. Якщо у вашому файлі Excel немає власника/основного оператора/відповідальної особи/автора (залежно від модуля – модулі Reagents & Supplies і Address Book не мають полів власника), або якщо ви хочете перезаписати це поле, вибрати одного власника зі списку. Адміністратори можуть імпортувати дані під будь-яким іменем. Персонал може імпортувати лише під своїм іменем. Примітка: Щодо версія 5.4 поле «Власник» є необов’язковим у розділі «Реагенти та витратні матеріали».

C. Ви можете вибрати імпорт до списку очікування. Що стосується користувача режиму, адміністратор має підтвердити дані в меню АДМІНІСТРАТОР > Дані > Список очікування. 

D. Якщо ви налаштували своє обладнання з опцією автоматичного зберігання, ви можете отримати доступ до цього сховища безпосередньо тут. У вас немає вибору коробки/розташування, LabCollector автоматично призначає всю пам’ять.

Під час кроку 2 у вас є можливість перевірити результат імпорту перед остаточною перевіркою.

  • Якщо у вашому файлі немає помилок, ви можете підтвердити імпорт.

  • Якщо ви забули стовпець власника або забули вибрати одного власника в списку вибору в розділі «Додаткові параметри», ви отримаєте це повідомлення про помилку

  • Якщо ви використовуєте власника, якого немає в списку учасників лабораторії, або допускаєте помилку, ви отримаєте це повідомлення про помилку

  • Якщо ви забули стовпець імені або вибрали неправильний роздільник полів, ви отримаєте це повідомлення про помилку

  • Якщо ваш модуль налаштовано як Блокувати дублікати у розділі АДМІНІСТРАТОР > Параметри > Параметри записів, і ви двічі імпортуєте те саме ім’я, ви отримаєте таке повідомлення

  • Прапорець і список вибору можна імпортувати. Значення має відповідати точним значенням у LabCollector. Якщо значення, використане у файлі імпорту, неправильне, ви отримаєте це повідомлення. Якщо ви вирішите імпортувати, неправильне значення не буде імпортовано.

  • Кілька типів списків вибору та полів прапорців можуть містити кілька значень. Значення має відповідати точним значенням у LabCollector і розділятися | (CTRL+ALT+6) або двокрапка (:). Не вводьте пробіл перед і після розділювача. Якщо значення, використане у файлі імпорту, неправильне, ви отримаєте повідомлення нижче. Якщо ви вирішите імпортувати, неправильне значення не буде імпортовано.

  • Можна імпортувати поля «Посилання на» та автозаповнення. Для поля «Посилання на» значення у вашому файлі має точно відповідати назві запису LabCollector і розділятися | (CTRL+ALT+6) або двокрапка (:). Не вводьте пробіли перед і після роздільника. Якщо значення, використане у файлі імпорту, неправильне, неправильне значення не буде імпортовано. Поле автозаповнення — це текстове поле, якщо ім'я запису існує, створюється посилання; якщо ні, то текст доступний

  • Нова версія 5.41! Система імпорту дозволяє виявити унікальність для необов’язкового поля унікального коду та спеціального поля з активованою опцією унікальності.

 Кожен імпортований запис може мати код проекту. Кожен використаний код проекту має вже існувати LabCollector для правильного імпорту.

 Спеціальні поля, такі як Завантаження бази даних та Завантаження папки на диск не можна імпортувати. Скористайтеся безкоштовним доповненням Завантаження файлу спеціального поля.

 Дата має бути відформатована як рррр-мм-дд або рр-мм-дд, для отримання додаткової інформації прочитайте KB-Форматування значення дати.


Генотип

Мітки генотипу повинні бути розділені пробілом.

Послідовності


Ви можете завантажити файл .FASTA (не .fas) у такому форматі:

>FN598458.1 Частковий ген 18S рРНК некультивованої інфузорії філофарингіди, клон GM2_C8
ACCTGGTTGATCCTGCCAGTAGCATATGCTTGTCTTGGAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAGTTA
TACAAGGCGAAACTGCGAATGGCTCATTAAAACAGTTATAATTTATTTGACGATTGCCTTATATGGATAA
CCGAGGGAAACTTCAGCTAATACATGCTTGTCATTTGACGTATTTATTAGTTCCACCGATGGCTTAGGCC
TTTTGATGATTCATGATAACTGATCGAAGCGATTTCGCTACGTCATTCAAGTTTCTGCCCTATCAGCTCT
GATTGTAGTGTATTGGACTACAATGGCTATTACGGGTAACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAAGGA
GCCTGAGAAACGGCTACTATGTCTACGGATAGCAGCAGGCGCGTAAATTACCCAATTGTAAATCACAGAG

і виберіть тип ДНК, РНК або білка. Вам також потрібно вибрати власника послідовностей імпорту (за замовчуванням це особа, пов’язана з обліковим записом).

Коли ви переходите до кроку 2, ви отримуєте:

Примітка. Ви також можете імпортувати послідовності з GenBank Послідовності модуль


Хімічні структури
Для форматів файлів MOL і SDF ваш файл має бути відформатований за допомогою 3 рядків заголовків або додаткових тегів (вкажіть кількість тегів)

Для формату файлу CDX можна завантажити кілька файлів або файлів ZIP.

Результат кроку 2:


документи
Завантажте свій файл, як і для інших модулів. Ви також можете пов’язати свої документи із записами.


Додайте колонку ім'я_оригінального_файлу містить точну назву документа, який ви хочете імпортувати до файлу імпорту, або вставте рядки, як у прикладі нижче.
Потім завантажте свій файл імпорту ТА всі документи, які ви хочете імпортувати (кілька файлів, як показано нижче, або архів zip).

На кроці 2 ви можете перевірити назву своїх документів.

Результат в базі даних після імпорту: