РЕЗЮМЕ:

Молекулярний редактор присутній як у модулі Хімія, так і в модулі ELN.

Хімічний редактор можна використовувати для створення хімічної структури та збереження її як запису. Він також надає вам можливість редагувати структуру хімічної молекули, яка вже присутня в модулі хімії.

У ELN (Electronic Lab Notebook) надбудова, її можна використовувати для створення 2D хімічних структур, які можна легко вставити ELN 'content' або його також можна зберегти як шаблон хімії в ELN.

Щоб скористатися редактором хімічних молекул, виконайте наведені нижче дії.

1. Хімічний редактор

1.1. Модуль хімії

1.2. ELN

2. Інструменти в хімічному редакторі

1. Хімічний редактор

Як описано у вступі, редактор хімії можна знайти як у модулях хімії, так і в модулях ELN надбудова
1.1. Модуль хімії
- Існує 2 способи використання хімічного редактора в модулі хімії.
  - Перший спосіб - це перейти до a МОДУЛЬ ХІМІЯ -> НОВИЙ РЕКОРД -> МОЛЕКУЛЯРНІ ДАНІ -> СТРУКТУРА -> НАМАЛЮЙТЕ МОЛЕКУЛУ.
    – Хімічний редактор відкриє сторінку нижче, яка детально описана в розділі 2.
  - Другий спосіб - це перейти до a МОДУЛЬ ХІМІЯ -> РЕДАГУВАТИ ЗАПИС (вже існує) -> МОЛЕКУЛЯРНІ ДАНІ -> НАМАЛЮЙТЕ МОЛЕКУЛУ.
    – Хімічний редактор відкриє сторінку нижче, яка детально описана в розділі 2.
1.2. ELN
- Щоб перевірити стандартні поля для кожного модуля, перейдіть до ГОЛОВНА -> КНИГА / ЕКСПЕРИМЕНТ АБО СТОРІНКА (НА ВАШ ВИБІР) -> ЗМІСТ -> EDIT.
- Після натискання піктограми «Додати молекули та реакції» відкриється сторінка з наведеними нижче параметрами.
- Вам потрібно натиснути опцію «Новий», щоб відкрити хімічний редактор, описаний нижче.

2. Інструменти в хімічному редакторі

Варіант A: центральне полотно
- Це полотно, де ви побачите молекулу, яку створюєте.
Варіант B: Верхня панель інструментів
Тут є різні варіанти:
- Параметри скасування та повтору для повторного відстеження дій.
- Щоб перенести/налаштувати вашу молекулу в центрі полотна.
- Перемикати мітки R/S. (S & R використовуються для назви енантіомерів хіральної сполуки. Це відноситься до ліворукості-S або праворукості-R молекули.)
  – Наприклад, уявіть атом вуглецю з хіральним центром, приєднаним до 4 атомів.
  – Кожному атому, з’єднаному з хіральним атомом C, надається пріоритет, де 1 є найвищим, а 4 – найнижчим.
  – Пріоритет надається відповідно до атомного номера, чим вищий атомний номер, тим вищий пріоритет.
- Ця опція призначена для очищення всього на полотні.
- Цей параметр створює формат Mol і Smiles для молекул. Ви можете скопіювати та зберегти його для подальшого використання.
  – Імпорт кнопка дозволяє вставляти файли MOL, SMILES або InChI молекули.
  – Експорт Кнопка дозволяє скопіювати формат MOL або SMILES згенерованої вами молекули.
  – InChI (Міжнародний хімічний ідентифікатор); SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry Specification — це лінійне позначення молекули); MOL (MDL Molfile містить інформацію про атоми, зв’язки, зв’язність і координати молекули). Наприклад, на зображенні нижче показано молекулу бензолу та різні формати, у яких вона може бути представлена.

- Ця опція повідомляє вам про програмне забезпечення та його версію.
- Ця опція двовимірного зображення/очищення дозволяє змінити орієнтацію вашої молекули.
- Цей параметр пошуку в хімічному словнику допоможе вам імпортувати структуру молекули.
  – Ви також можете редагувати структуру, яку ви імпортували.
Варіант C: правильно панель інструментів
Тут є різні варіанти:
- Вибір прямокутника та ласо. Це різні типи вибраних інструментів.
  - Виберіть прямокутник: виділіть атоми та зв’язки за допомогою прямокутної області виділення
  - Виберіть ласо: виділіть атоми та зв’язки, намалювавши виділену область від руки
- Ви можете видалити виділення за допомогою DEL ключ або за допомогою інструмента ластик .
- Цей параметр заряду дозволяє збільшувати (+) або зменшувати (-) заряд атомів.
- Це дозволяє додавати ізотоп до структури вашої молекули.
- Фрагменти дозволяють мати заздалегідь підготовлену структуру бензолу , циклопентан , циклопропан , циклобутан , циклогексан , циклогептан .
- Це дозволяє створити ланцюжок атомів вуглецю.
Варіант D: Ліворуч панель інструментів
- Ця панель інструментів також дозволяє вам вибирати з ряду елементів, які ви можете використовувати для створення нового елемента або зміни існуючого.
- Присутні атоми Гідрогену, Сульфуру, Фосфору, Флору, Оксигену, Нітрогену та Карбону.
- Ви можете додати сюди власний елемент. Елемент, який не визначено разом із атомами водню, кількістю важких атомів (D) або кількістю атомів у кільці (R).
  – Важкі атоми – це, наприклад, C, N, O, S, F, Cl, Br тощо.
  – Кільцеві атоми – це ті, які складають частину кільця.
- Панель інструментів пропонує різні типи облігацій одинарні, подвійні, потрійні, вгору.
Варіант E: Додати
- Після того, як ви завершили створення сполуки, ви можете додати її та включити у свою реакцію та вставити у свій вміст у ELN книга, експеримент або хімія.
- Ви також можете зберегти його як шаблон, як показано на відео нижче.
  * Щоб отримати доступ до шаблонів хімії в ELN Ви можете піти до ADMIN -> ШАБЛОН -> ПЕРЕГЛЯНУТИ/РЕДАГУВАТИ ШАБЛОН РЕАКЦІЇ.
  * Пам’ятайте, що ви можете переглядати та редагувати шаблон реакції залежно від дозволів, наданих вам суперадміністратором або адміністратором. Перегляньте нашу базу знань, щоб дізнатися більше ELN дозволу.