Importujte svá data (verze 5.3 a vyšší) - LabCollector

Prohledávejte znalostní bázi podle klíčového slova

Jsi tady:
← Všechna témata
Přístupné VŠEM uživatelům kromě oprávnění na úrovni uživatele a návštěvníka

 Připravte si LabCollector databáze. Před importem dat musíte nakonfigurovat modul, do kterého importujete data, vytvořením polí, která potřebujete, a přidáním možných hodnot tam, kde je to potřeba. Podívejte se na naše KB-Vytvořit vlastní pole 5.2v Další informace o vytváření vlastních polí.
Ujistěte se, že vaše PHP má zvýšené limity: max_input_vars = 10000 nebo více (viz KB-Import velkých souborů).

Přejít na: SPRÁVCE > Data > Import a vyberte modul, do kterého chcete importovat data (jeden soubor na modul).

 Import dat funguje pouze s CSV nebo jiného textového souboru s oddělenými daty (kromě importu sekvencí a molekul) a ne přímo z Excelu (předpokládejme, že svá data zkopírujete/vložíte, viz bod 2 níže), Access nebo jiného softwaru. Data můžete převést do textového formátu (textový soubor se zalomením řádku DOS) s oddělovači polí dle vašeho výběru z Excelu nebo jiných typů databází. Soubory Mac OS uložte jako CSV pro formát Windows.

Kmen a buňky – Vzorky – Reagencie a zásoby – Protilátky – Plazmidy – Primery – Zvířata – Vybavení – Adresář – Vlastní moduly

Vyberte si jeden z výše uvedených modulů a postupujte podle těchto kroků.

1. K importu dat můžete použít různé soubory: dva takové soubory nabízí LabCollector obsahující všechna pole v modulu dle vašeho výběru buď s tagy názvu legendy nebo tagy názvu databáze ve formátu CSV; jinak si můžete vytvořit svůj vlastní soubor s názvy vašich polí v pořadí, které preferujete. Názvy polí se však musí přesně shodovat s názvy v jednom z nich LabCollectorsoubory uživatele .
Název legendy je název pole v záznamu modulu, formuláři nebo v seznamu polí ve výchozích/vlastních oblastech polí, které poli přidělíte. Název databáze je dostupný v oblastech výchozích/vlastních polí a je osvobozen od speciálních znaků.


Uspořádejte soubor tak, aby obsahoval všechna pole, která chcete importovat. První řádek odpovídá názvům polí. Jedno pole po sloupci.

Importovaná data MUSÍ OBSAHOVAT obory související s název (pokud jste svůj modul nastavili s automatickým pojmenováním, ponechte sloupec prázdný) a majitel (pokud nezvolíte přepsání importovaných vlastníků v rozšířených možnostech – viz níže – nebo modul nepoužívá pole vlastníka jako v modulu Reagent & Supplies).
Uložte tento soubor do txt (Tab) nebo CSV (čárka nebo středník jako oddělovač).

2. Nahrajte svůj soubor nebo zkopírujte/vložte řádky, které chcete importovat, VŽDY tak, aby první řádek odpovídal názvům polí.
Kopírování/vkládání z excelu je opravdu snadné: vyberte buňky, které chcete vložit, a zkopírujte je do pole, nezapomeňte na záhlaví!

3. Zvolte oddělovač pole. Pokud kopírujete/vkládáte z Excelu, vyberte oddělovač TAB.

4. Před výběrem potvrzení zkontrolujte svá data. V případě chyby můžete import zrušit.

Pokročilé volby:
Vpravo nahoře zaškrtnutím políčka otevřete sekci možností.

A. Ve výchozím nastavení jsou znaky kódovány pomocí ISO-8859-1. To vám umožňuje importovat většinu speciálních znaků, jako jsou písmena s vážným, akutním, diaeresis, circumflex… UTF-8 musí být použito pro některé jazyky (např. čínštinu, řečtinu…), pokud používáte software, který vám umožňuje ukládat v CSV s UTF- 8 jako kódování (například LibreOffice).

B. Pokud váš excelový soubor nemá vlastníka/hlavního operátora/osobu na starosti/autora (v závislosti na modulu – moduly Reagenty a zásoby a Adresář nemají pole vlastníka), nebo pokud chcete toto pole přepsat, vyberte jednoho vlastníka ze seznamu. Správci mohou importovat data pod libovolným jménem. Zaměstnanci mohou importovat pouze pod svým vlastním jménem. Poznámka: Od Verze 5.4 pole Owner je volitelné pole v Reagents & Supplies.

C. Můžete si vybrat import do pořadníku. Pokud jde o uživatele režimu, správce musí ověřit data v části ADMIN > Data > Seznam čekatelů. 

D. Pokud jste své zařízení nakonfigurovali s možností automatického ukládání, můžete k tomuto úložišti přistupovat přímo zde. Nemáte na výběr box/umístění, LabCollector automaticky přiřadí veškeré úložiště.

Během kroku 2 máte možnost zkontrolovat výsledek importu před konečným ověřením.

  • Pokud ve vašem souboru není žádná chyba, můžete import potvrdit.

  • Pokud jste zapomněli sloupec vlastníka nebo jste zapomněli vybrat jednoho vlastníka ze seznamu v části Pokročilé možnosti, zobrazí se tato chybová zpráva

  • Pokud použijete vlastníka, který není v seznamu členů laboratoře, nebo uděláte chybu, zobrazí se tato chybová zpráva

  • Pokud jste zapomněli sloupec názvu nebo jste zvolili špatný oddělovač polí, zobrazí se tato chybová zpráva

  • Pokud je váš modul nastaven jako Blokovat duplikáty v části ADMIN > Předvolby > Možnosti záznamů a dvakrát importujete stejné jméno, dostanete tuto zprávu

  • Lze importovat zaškrtávací pole a výběrový seznam. Hodnota musí odpovídat přesným hodnotám v LabCollector. Pokud je hodnota použitá v souboru importu nesprávná, zobrazí se tato zpráva. Pokud zvolíte import, nesprávná hodnota nebude importována.

  • Více typů polí seznamu a zaškrtávacích polí může obsahovat více hodnot. Hodnota musí odpovídat přesným hodnotám v LabCollector a být odděleny | (CTRL+ALT+6) nebo dvojtečka (:). Nevkládejte mezeru před a za oddělovač. Pokud je hodnota použitá v souboru importu nesprávná, zobrazí se níže uvedená zpráva. Pokud zvolíte import, nesprávná hodnota nebude importována.

  • Pole „Odkaz na“ a automatické doplňování lze importovat. V poli „Odkaz na“ musí hodnota ve vašem souboru odpovídat přesnému názvu záznamu v LabCollector a být odděleny | (CTRL+ALT+6) nebo dvojtečkou (:). Nevkládejte mezeru před a za oddělovač. Pokud je hodnota použitá v souboru importu nesprávná, nebude importována. Pole automatického doplňování je textové pole, pokud název záznamu existuje, vytvoří se odkaz; pokud ne, text je k dispozici

  • Nová verze 5.41! Importní systém umožňuje detekovat jedinečnost pro volitelné pole jedinečného kódu a vlastní pole s aktivovanou možností jedinečnosti.

 Každý importovaný záznam může mít kód projektu. Každý použitý kód projektu již musí existovat v LabCollector pro správný dovoz.

 Vlastní pole jako např Nahrání databáze a Nahrání složky na disku nelze importovat. Použijte prosím bezplatný doplněk Nahrání souboru vlastního pole.

 Datum musí být ve formátu rrrr-mm-dd nebo rr-mm-dd, pro více podrobností si prosím přečtěte KB-hodnota data formátování.


Genotyp

Značky genotypu musí být odděleny mezerou.

Sekvence


Můžete nahrát přímo svůj soubor .FASTA (nikoli .fas) ve formátu:

>FN598458.1 Nekultivovaný parciální gen 18S rRNA fylofaryngidních řasinek, klon GM2_C8
ACCTGGTTGATCCTGCCAGTAGCATATGCTTGTCTTGGAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAGTTA
TACAAGGCGAAACTGCGAATGGCTCATTAAAACAGTTATAATTTATTTGACGATTGCCTTATATGGATAA
CCGAGGGAAACTTCAGCTAATACATGCTTGTCATTTGACGTATTTATTAGTTCCACCGATGGCTTAGGCC
TTTTGATGATTCATGATAACTGATCGAAGCGATTTCGCTACGTCATTCAAGTTTCTGCCCTATCAGCTCT
GATTGTAGTGTATTGGACTACAATGGCTATTACGGGTAACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAAGGA
GCCTGAGAAACGGCTACTATGTCTACGGATAGCAGCAGGCGCGTAAATTACCCAATTGTAAATCACAGAG

a vyberte typ DNA, RNA nebo protein. Musíte také vybrat vlastníka sekvencí importu (ve výchozím nastavení osoba spojená s přihlášením k účtu).

Když přejdete na krok 2, získáte:

Poznámka: Můžete také importovat sekvence z GenBank prostřednictvím Sekvence modul.


Chemické struktury
U souborů ve formátu MOL a SDF musí být váš soubor naformátován pomocí 3 řádků záhlaví nebo volitelných značek (uveďte počet značek)

Pro formát souboru CDX můžete nahrát více souborů nebo souborů ZIP.

Výsledek kroku 2:


Dokumenty
Nahrajte svůj soubor jako u jiných modulů. K záznamům můžete také přiřadit své dokumenty.


Přidejte sloupec původní_název_souboru obsahující přesný název dokumentu, který chcete importovat do importovaného souboru, nebo vložit řádky jako v příkladu níže.
Poté nahrajte svůj importovaný soubor A všechny dokumenty, které chcete importovat (více souborů, jak je uvedeno níže, nebo zip).

V kroku 2 můžete zkontrolovat název vašich dokumentů.

Výsledek v databázi po importu: