SHRNUTÍ:

Na vašem PCR přístroji musíte specifikovat mapu destičky, abyste se ujistili, že správně pojmenujete, kde jsou vzorky umístěny. V závislosti na tom bude po běhu PCR pro každý vzorek vygenerován soubor výsledků. Pro zjednodušení tohoto procesu můžete pomocí našeho doplňku pro třídění zkumavek vygenerovat soubor manifestu vzorku, který obsahuje mapu destiček pro vzorky PCR, které mají být zpracovány.

Postupujte podle níže uvedeného kroku a vytvořte ukázkový soubor manifestu:

1. Nahrajte soubor vzorové šablony

2. Vygenerujte ukázkový soubor manifestu

• A. Použití mapy krabic/desek v Storage.
• B. Použití příjmu vzorků

1. Nahrajte soubor vzorové šablony

• V doplňku třídiče trubek musíte přejít na „Nastavení“ a poté na „Spravovat šablony“.
• Zde můžete nahrát soubor CSV nebo TXT pro svou šablonu. 
  

• Tipy/Rady

  Šablonu pro běh najdete na svém PCR přístroji. V případě potřeby vám můžeme pomoci s úpravou šablony podle vašich požadavků.
• Můžete také kliknout na možnost „najít nápovědu“ a zobrazit možnosti pro vygenerování ukázkového souboru manifestu. Zobrazí se vyskakovací okno, které vám umožní zjistit, které značky můžete použít ve svém ukázkovém souboru manifestu.
  
• Tento nahraný soubor bude obsahovat informace jako v příkladu na obrázku níže. Sloupec polohy bude definovat polohu vzorků v desce. Zbývající sloupce budou záviset na protokolu PCR a požadavcích vašeho STROJE.
  Pokud chcete, můžete soubor otevřít ve formátu CSV, ale pokud jej chcete vidět v níže uvedeném formátu, musíte soubor CSV oddělit.
  *Přečtěte si naši znalostní bázi na jak vymezit CSV.
  

• Když máte duplikáty, můžete replikovat polohu studny. Jak vidíte na výše uvedeném příkladu obrázku. 
• Pozice v těchto hash značkách bude automaticky převzata z LabCollector úložný systém. Tato část je vysvětlena v další části.
• Jakmile šablonu aktualizujete a nahrajete do třídiče zkumavek, můžete tuto šablonu snadno použít pro všechny běhy vzorků, které provádíte ve své PCR.
• Můžete nahrát několik šablon a různých velikostí PCR, jako je 96 nebo 384, a také sloučit destičky pomocí třídiče zkumavek.

2. Vygenerujte ukázkový soubor manifestu

A. Použití mapy krabic/desek v Storage

• In LabCollector úložiště můžete vytvořit krabice nebo desky se vzorky na určitých pozicích a můžete je použít k vytvoření souborů manifestu vzorků. Můžete vytvořit destičky nebo krabice a přidat konkrétní vzorky na příslušné pozice. 
  *Abyste mohli vytvořit své krabice nebo talíře, přečtěte si znalostní databázi na jak nastavit LabCollector úložný prostor.
  *Nahlédněte do naší znalostní báze na jak generovat modelové boxy.
  
• Tipy/Rady

  Talíř můžete pojmenovat podle data, ponechat je oddělené nebo vytvořit falešné umístění v laboratoři pro uložení všech talířů, pro které budete běhat, abyste je poté mohli smazat. 
  Krabice, i když v prohlížeči úložiště mohou mít imaginární krabice nebo desky, jen pro vytváření ukázkových souborů manifestu. 
  Můžete také vytvořit ukázkové soubory manifestu pomocí doplňku pro příjem vzorků. Postup je vysvětlen níže v části 2 části B.
  
• Jakmile vytvoříte krabici/destičku pro vaši PCR se vzorky na konkrétních pozicích, zablokujete také jamky pro kontrolní vzorky. Tímto způsobem nebudou v těchto pozicích uloženy žádné vzorky, a to ani náhodně.
• výstraha

  Když vytvoříte model pro destičku pro PCR a chcete zablokovat jamky, bude to možné pouze s modelem BOX a ne model Plate.
  
• Chcete-li zablokovat pozici, stačí vybrat buňky kliknutím na znaménko + a aktualizovat pole podle kroků vysvětlených níže.
  Pokud chcete odstranit blokované pozice, můžete také kliknout na 3Vymazat všechny blokované pozice a aktualizovat model.
  
• Chcete-li vytvořit soubor vzorového manifestu pomocí třídiče zkumavek, přejděte na doplněk a na domovské stránce klikněte na „Vygenerovat soubor vzorového manifestu“. 
  
• Uvidíte níže uvedenou stránku, kde musíte najít název krabice/talíře, který jste vytvořili dříve; Kliknutím na malé znaménko + můžete dokonce přidat několik talířů dohromady. Jakmile vyberete krabici/talíř 
  
• Jakmile kliknete na další, uvidíte informace o vzorcích uvnitř krabice nebo talíře;
  1. můžete vybrat ukázkový soubor manifestu pomocí rozevíracího seznamu (ten, který jste nahráli v části 1 výše),
  2. Mix plates umožňuje vybrat několik ploten a smíchat pozici vzorků v nich se separátorem dle vašeho výběru. Když například promícháte, uvidíte
     Deska_1 Pozice A1 s Deskou_2 Pozice A1 popř 
     Deska_1 Pozice A2 s Deskou_2 Pozice A2 atd.
  3. Můžete mít přechodnou hlavičku, což znamená, že pokud vyberete několik desek, aniž byste je smíchali, pak se desky v šabloně opakují. Tyto možnosti umožňují, aby mezi každou deskou byly přítomny záhlaví, aby je od sebe oddělily. Pokud tuto možnost nevyberete, záhlaví pro každou desku se mezi šablonami nezobrazí.
  4. a klikněte na vygenerovat soubor manifestu.
     *Prázdná místa na deskách budou vypadat prázdná a budou mít pod stojanem/zásobníkem sloupců komentář „Nenalezeno“.
     Pozice hashtagu se vyplní názvem vzorku ve vzorové šabloně manifestu.
     
• Když kliknete na tlačítko generovat soubor manifestu, zobrazí se vyskakovací okno pro uložení souboru ve formátu txt. Můžete také otevřít txt nebo změnit název souboru změnou přípony z .txt na .csv při ukládání souboru.
• Toto je soubor, který musíte ručně přenést do přístroje PCR pro běh.

B. Použití příjmu vzorků

• Krabice/talíře můžete vytvářet přímo uvnitř doplňku pro příjem vzorků.
• V ukázkovém příjmu můžete nakonfigurovat nastavení pro váš projekt. Zde si můžete vybrat modelovou krabici, kterou vytvoříte ADMIN -> SKLADOVÁNÍ -> SPRAVOVAT ÚLOŽIŠTĚ-> MODELY.
  *Přečtěte si naši znalostní databázi na jak nakonfigurovat příjem vzorků.
• Můžete vytvořit balíček, ve kterém můžete vytvořit talíř.
  *Přečtěte si naši znalostní bázi na  jak vytvořit balíček a zpracovat jej.
  *Přečtěte si naši znalostní bázi na jak zpracovat desky při příjmu vzorků.
• Můžete naskenovat čárový kód vzorků a přidat vzorky do jiné pozice jamky, kterou chcete.
  *Pokud máte krabici, můžete při vytváření modelu blokovat pozice pro kontrolní vzorky, pokud jsou vždy umístěny na stejném místě. Vysvětleno v části 2 výše.
• Tuto krabici můžete uložit do imaginární nebo falešné místnosti a vybavení a použít ji k vytvoření ukázkového souboru manifestu. Stejně jako proces vysvětlený v části 3 A.
• Vzorový soubor manifestu, který jste vygenerovali, je pak třeba přenést do počítače ručně.

Související témata:

• Zkontrolujte prosím naši KB na jak vytvořit a zpracovat balíčky ve vzorovém doplňku pro příjem.
• Přečtěte si více o jak automaticky ukládat vzorky z příjmu vzorků do modulu.
• Přečtěte si naši KB dále Jak zpracovávat desky
• Přečtěte si více o Jak se připojit a odeslat vzorky z „příjmu vzorků“ pro provádění testů v „LSM“.