چگونه با استفاده از LSM آزمایش ژنتیکی پدری/رابطه انجام دهیم؟ - LabCollector

جستجوی پایگاه دانش بر اساس کلمه کلیدی

تو اینجایی:
← همه مباحث

فرآیند آزمایش ژنتیکی پدری و رابطه را می توان با استفاده از LSM-Add ما کارآمدتر کرد که خودکارسازی فرآیند آماده‌سازی و تجزیه و تحلیل نمونه/آزمون را تضمین می‌کند و با ارائه یک رابط کاربرپسند برای تجزیه و تحلیل نتایج، LSM امکان انجام آزمایش ژنتیکی پدری را با دقت، سرعت و کارایی افزایش می‌دهد.

تجزیه و تحلیل ژنتیکی روی نمونه ها می تواند با استفاده از روش های مختلفی از جمله PCR (واکنش زنجیره ای پلیمراز)، RFLP (پلی مورفیسم طول قطعه محدود)، یا توالی یابی نسل بعدی (NGS) انجام شود. انتخاب روش به سطح دقت مورد نظر و منابع موجود در آزمایشگاه شما بستگی دارد، هر روشی که انتخاب می کنید، افزونه LSM ما شما را پوشش می دهد، زیرا می تواند یکپارچه ادغام شود با هر ماشین/ابزاری که آزمایشگاه شما ممکن است داشته باشد.

در پایگاه دانش زیر، ما شما را از طریق یک فرآیند گام به گام در مورد چگونگی انجام موفقیت آمیز آزمایش پدری/رابطه با استفاده از LSM راهنمایی می کنیم:

  1. ایجاد شغل در LSM
  2. سوابق بیمار را وارد کنید
  3. از افزودنی Parser برای ورودی نتایج تجزیه و تحلیل استفاده کنید
  4. گزارش را بارگیری کنید
  5. مثال
توجه داشته باشید

در AgileBio، ما درک می کنیم که آزمایش ژنتیکی پدری/رابطه می تواند پیچیده باشد. به همین دلیل است که ما یک بسته منحصر به فرد به طور خاص برای این نوع آزمایش ها، با استفاده از پلاگین ها و پارامترهای ویژه ای طراحی شده است که دقت و قابلیت اطمینان را تضمین می کند.

برای اینکه این فرآیند تا حد امکان بدون استرس باشد، ما در هر مرحله از راه پشتیبانی و راهنمایی شخصی ارائه می دهیم. تیم کارشناسان ما اینجا هستند تا به هر سوالی که ممکن است داشته باشید پاسخ دهند. اگر علاقه مند به کسب اطلاعات بیشتر در مورد بسته آزمایشی پدری/رابطه ما هستید، لطفاً با ما تماس بگیرید: [ایمیل محافظت شده].

مرحله 1: ایجاد شغل در LSM

 

اولین قدم ایجاد شغل در LSM است. برای انجام این کار، به سادگی مراحل زیر را دنبال کنید:

  • باز کن LabCollector و به افزونه LSM بروید
  • روی "کار” واقع در گوشه بالا سمت راست و سپس روی ”اضافه کردن شغل” در منوی کشویی به منظور ایجاد یک کار جدید.
  • را انتخاب کنید "تست پدری/رابطه". لطفاً توجه داشته باشید که همیشه می توانید یک مدل اختصاصی برای هر نوع آزمایشی که می خواهید ایجاد کنید. برای انجام این کار، به سادگی به آن بروید Admin -> Preferences -> Models (همانطور که در تصویر زیر نشان داده شده است).

  • سپس می‌توانید نام مدل، توضیحات آن، نوع نمونه پیش‌فرض را وارد کنید و پارامترهای نمونه/کار را که می‌خواهید در فرم نمونه/کار شما نمایش داده شود، انتخاب کنید. پس از اتمام، بر روی ” کلیک کنیدارسال"، سپس به Admin -> Setup -> Job Requests، و بر روی کلیک کنید مدل ها را فعال کنید (همانطور که در زیر نشان داده شده است).

  • سپس مدل های ایجاد شده مستقیماً در داخل ظاهر می شوند کار فهرست کشویی.

  • پس از انتخاب شغل مربوطه که می خواهید ایجاد کنید، به سادگی تمام جزئیات لازم مانند شماره شغل، تاریخ کار، شرح آن، نام درخواست کننده و سایر اطلاعات ضروری را پر کنید.

 

مرحله 2: سوابق بیمار را وارد کنید

 

  • هنگامی که کار را ایجاد کردید، مرحله بعدی وارد کردن سوابق بیمار مربوطه است (همچنین می توانید این مرحله را قبل از ایجاد کار انجام دهید). ابتدا مطمئن شوید که سوابق مربوط به هر بیمار را در محدوده مناسب ایجاد کرده اید LabCollector ماژول
  • به عنوان مثال، شما می توانید باز کنید ماژول بیمار و با کلیک بر روی دکمه، اقدام به ایجاد رکورد جدید کنید واقع در گوشه سمت راست بالا

  • سپس، تمام جزئیات لازم را برای هر یک از بیماران درگیر در آزمایش پدری/رابطه، از جمله اطلاعاتی مانند نام، تاریخ تولد، جنسیت و سایر اطلاعات مرتبط وارد کنید.
  • به LSM برگردید و سوابق بیمار را که به تازگی ایجاد کرده‌اید به شغلی که قبلاً در مرحله 1 اضافه کرده‌اید، با انتخاب آن‌ها در فهرست پرونده (همانطور که در تصویر زیر نشان داده شده است) پیوند دهید.

توجه داشته باشید
مطمئن شوید که گزینه case record با پیمایش به فعال باشد Admin -> Setup -> Case Record.

 

  • داده‌های اضافی را از قبل انتخاب کنید، مانند نوع رابطه «ادعای» بین بیماران («پدر»، «پدربزرگ»، «خاله»، ...)، قومیت آنها، نوع نمونه، و غیره.

 

مرحله 3: از افزودنی تجزیه کننده برای ورودی نتایج تجزیه و تحلیل استفاده کنید

 

  • هنگامی که سوابق بیمار را وارد کردید، گام بعدی استفاده از افزودنی تجزیه کننده برای وارد کردن نتایج تجزیه و تحلیل است. افزودنی تجزیه کننده به شما امکان می دهد فایل های Excel یا CSV تولید شده توسط دستگاهی که تجزیه و تحلیل را انجام داده است را وارد کنید. برای استفاده از افزونه، مراحل زیر را دنبال کنید:
  • افزونه تجزیه کننده را در آن باز کنید LabCollector
  • پوشه مناسب را انتخاب کنید سپس فایل اکسل یا CSV حاوی نتایج تجزیه و تحلیل را وارد کنید.

  • سپس I-Collector به طور خودکار مقادیر پارامتر را در کادرهای مربوطه خود وارد می کند. TP (فرد آزمایش شده), R1 (مربوط به 1)و R2 (مربوط به 2).

  • I-Collector همچنین روند کار را تأیید می کند و گزارشی را ایجاد می کند که سپس می توانید آن را در قالب PDF بارگیری کنید.

 

مرحله 4: گزارش را بارگیری کنید

 

مرحله نهایی دانلود گزارش است که شامل درصد رابطه و سایر نتایج مرتبط خواهد بود. برای دانلود گزارش مراحل زیر را دنبال کنید:

  • روی نماد چرخ دنده کنار شغلی که می خواهید گزارش را دانلود کنید کلیک کنید.
  • کلیک کنید روی "گزارش"برگه
  • نوع گزارشی را که می خواهید دانلود کنید انتخاب کنید.
  • گزارش را دانلود و بررسی کنید.

مثال:

برای بهتر نشان دادن نحوه انجام تست پدری/رابطه با استفاده از LSM، بیایید مثالی را در نظر بگیریم:

فرض کنید که جان و مری والدین جک هستند و آزمایشگاه از هر یک از آنها نمونه DNA گرفته است. کاربر باید برای جان، مری و جک در رکوردهایی ایجاد کند LabCollectorاز جمله نام، تاریخ تولد، جنسیت و هر گونه اطلاعات مرتبط دیگر. کاربر همچنین باید رکوردها را به LSM پیوند دهد و نوع رابطه فرضی را از قبل انتخاب کند، در این مورد، پدر و مادر.

مرحله بعدی تجزیه و تحلیل نمونه های DNA با استفاده از یک تحلیلگر ژنتیکی و تولید یک فایل Excel/CSV با نتایج است. سپس کاربر باید فایل را در تجزیه کننده آپلود کند و داده ها به لطف I-collector به طور خودکار به برگه ها/موارد مربوطه تزریق می شوند.

فرض کنید که آزمایشگاه 15 جایگاه را تجزیه و تحلیل کرد و آلل های زیر را پیدا کرد:

مکان جان مريم جک
D3S1358 16,18 16,18 16,20
TH01 8,9 9,9 9,9
D21S11 28,30 28,30 28,29
D18S51 14,15 14,15 15,16
D5S818 11,13 11,13 11,12
D13S317 10,13 11,13 12,13
D7S820 10,11 10,11 10,11
D16S539 10,12 11,12 12,13
CSF1PO 11,12 10,12 10,12
پنتا ای 14,16 14,16 14,15
پنتا دی 12,13 12,13 12,13
D8S1179 11,12 11,12 11,14
TPOX 8,12 8,12 8,10
vWA 15,18 17,18 16,18
FGA 21,23 21,23 22,23

 

سیستم به طور خودکار احتمال رابطه بین جک و جان/مری را محاسبه کرده و گزارش مربوطه را ایجاد می کند.

سپس کاربر می‌تواند گزارشی را که درصد رابطه بین جک و جان/مری را نشان می‌دهد، همراه با سایر اطلاعات مرتبط مانند مکان‌های تجزیه‌وتحلیل‌شده، آلل‌های یافت شده و پارامترهای آماری مورد استفاده در محاسبه دانلود کند (مثلاً فرکانس‌های آللی، هاردی- تعادل واینبرگ و غیره). این گزارش همچنین می تواند شامل هر یادداشت یا نظر اضافی اضافه شده توسط کاربر باشد.

مطالب مرتبط: