如何使用质粒图谱编辑器？ - LabCollector

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概要：

内 LabCollector  有 13 默认模块，其中您可以找到 质粒 模块

该模块不仅为您提供导入质粒的可能性，还可以在 质粒图谱编辑器。但为了访问此功能并能够创建质粒，您需要执行以下步骤。

备注
In 质粒图谱编辑器， 您有两种选择来生成质粒，或者通过修改基本设计来制作质粒（要使用此功能，您所需要做的就是单击 ），或者通过导入其相应的 DNA 序列从头开始创建一个（要使用此功能，您需要单击 ).
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1、设计模式
2. 从序列中抽取

1、设计模式

 

  • 在MyCAD中点击 软件更新 质粒模块 -> 质粒图谱编辑器

  • 您还可以编辑现有的质粒记录，方法是单击它，然后选择“序列和地图' 选项。

 

 

  • 完成后，您将看到以下页面。

  • 1. 在这里您可以输入质粒的 姓名 以及 尺寸 以碱基对 (bp) 为单位。您还可以使用 ' 放大和缩小质粒半径' 选项。
  • 2. 该区域可让您在编辑时预览质粒的外观。
  • 3. 特征 例如，部分允许您添加 ORF （开放阅读框） ORI （复制起点）或抗生素（四环素、氨苄青霉素等）。下面是一个屏幕截图，其中包含您可以添加的一些功能的示例。

备注
除非您单击 按钮。
  • 4. 在这里您可以输入“附加注释“，例如编码序列（二氧化氯溶液 CDS）或引物结合位点。您还可以添加所需的任何其他附加注释。下面是一个屏幕截图，其中包含您可以添加的一些注释的示例。
  • 5. GenBank 注释 允许您直接从 GenBank 添加注释。例如，假设您从 GenBank 下载了一个质粒文件并将其上传到质粒模块中。如果您想添加与 GenBank 中存在的注释相同的注释，您可以选择可视化并将它们添加到您的质粒中，方法是勾选“包括 GenBank 注释“盒子。
  • 6. 你也可以添加 限制位点 到你的质粒。请参阅下面的屏幕截图作为示例。

  • 7. 完成后，您可以在命名后单击“保存”按钮来保存质粒，它将自动添加到质粒模块中。
提示/提示
如果您想在特定质粒记录中查看或添加注释，您需要单击 管理序列和注释。 （参见下面的屏幕截图）。

2. 从序列中抽取

  • 一旦进入 质粒图谱编辑器， 点击 位于顶部。然后您将看到以下页面。

 

  • 1. 您可以在此处复制粘贴与您想要生成的质粒相对应的 DNA 序列（如上面的屏幕截图所示）。
备注
请注意，此导入过程将检测具有方向和商业限制性酶位置的 ORF。还将鉴定常见的选择标记（例如氨苄青霉素）。
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  • 2. 在这里，您有一个清单 所有可用的酶 （左侧）和右侧的另一个选项卡 您将要使用的限制性内切酶 导入 DNA 序列时。
    • 您可以从左侧选项卡中选择一种酶，然后单击 添加按钮 将其添加到您愿意使用的酶列表中，您还可以通过选择它们然后单击删除按钮来删除可供使用的酶 ，然后它们将自动转移回可用酶列表。
  • 3. 这里有一个表格，其中列出了您可以选择的不同遗传密码，具体取决于您正在使用的密码子表和物种类型。 （有关您可以使用的密码子表的完整列表，请参阅下面的屏幕截图）。

  • 4. 完成后，单击“导入并绘制！”按钮查看您的质粒（下面是根据其 DNA 序列生成的质粒的示例）。

提示/提示
请注意，您可以在质粒生成后随时更改其名称、添加/删除注释和限制位点。

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