Úvod do LabCollector API - LabCollector

Vyhľadávajte v znalostnej báze podľa kľúčového slova

Nachádzate sa tu:
← Všetky témy
SÚHRN:

API is the Application Programming Interface a computing interface that defines interactions between multiple software intermediaries. In simple words it allows two applications to talk to each other. For example, when you use any application on your mobile to see Facebook, Instagram, or the weather app, you are using the API. Similarly, if you are using LabCollector LIMS and you want to connect to third-party software, you can connect via API.

LabCollector Web Service Application Programming Interface (API) allows third-party applications to interact with both LabCollector’s database (modules) and LabCollector add-ons (ELN and LSM).

AgileBio ponúka API pre (vysvetlené v sekciách nižšie):-

  • Hlavné LC API: Pomocou tohto môžete pracovať/extrahovať dáta modulov (vzorky..), ukladať, získavať/ukladať súbory…
  • ELN API: Pomáha vám to pracovať s knihami/stránkami (získať/pridať), odovzdávať súbory/obrázky
  • LSM API: S týmto môžete pracovať na analytických / službách (pridávať úlohy, aktualizovať výsledky, získavať výsledky...)
  • WF API (Nový!): Toto môže pomôcť spustiť nové pracovné postupy, zmeniť stav

API je založené na architektúre Representational State Transfer (REST), ktorá umožňuje prístup zdroje prostredníctvom Uniform Resource Identifier (URI) a akcií na nich. 

API also provides security in terms of data integrity. For example, when two applications are talking with API, they are only talking in terms of small packets of data only which is necessary. For example, when you order an item from amazon. You just convey the items you want and then they are delivered to you. You don’t come across the entire process of item manufacturing or packing or transporting, etc. The same data in LabCollector is only visible in some parts (resources) that can be modified with the help of API.

Pri konfigurácii postupujte podľa týchto krokov LabCollector API:-

1. Všeobecné nastavenie API

2. Ako používať API 

3. API for LabCollector: Uniform Resource Identifier (URI)

4. Príklady API

5. LSM API

6. ELN API

7. Workflow API *NOVÝ

8. Riešenie problémov (chybové hlásenia)

9. API služby Annex-Web

1. Všeobecné nastavenie API

  • To configure API in LabCollector you have to declare your application in LabCollector.
  • To do so please log in to LabCollector v rámci superadmin. 
    * Ak chcete vidieť, prečítajte si našu KB what are superadmin permissions in LabCollector.
  • V LabCollector when you log in go to ADMIN -> NASTAVIŤ -> WEB SERVICES API

  • You will see the below page where you can define a new application that you want to connect to LabCollector via API.

 

  • 1. NÁZOV: Tu môžete pridať názov vašej aplikácie. Ako príklad sme pridali názov nášho doplnku, ktorým je príjem vzoriek.
  • 2. PREDCHOZÝ OPERÁTOR: Tu môžete zadať osobu, ktorej chcete byť prevádzkovateľom tohto API. Ak tu operátora nepridáte, budete ho musieť pridať pri každej požiadavke, ktorú vykonáte cez API.
  • 3. OBMEDZENIE IP adresy: Táto možnosť vám umožňuje úroveň zabezpečenia, pretože tu môžete definovať, ktoré adresy IP (internetový protokol) môžu pracovať na definovanom rozhraní API. Pamätajte, že ak zvolíte „áno“, pole na zadanie IP adresy sa zobrazí až po uložení nastavenia.
  • 4. MODULY PRIPOJENÉ K TEJTO APLIKÁCII: V predvolenom nastavení je prítomných 12 modulov LabCollector. Okrem toho môžete vytvárať nové vlastné doplnky podľa svojich požiadaviek. Tu budú prítomné všetky predvolené a vlastné moduly a doplnky a môžete si vybrať, ktoré moduly chcete s rozhraním API interagovať.
  • 5. PRIDAŤ: po zadefinovaní nastavení môžete kliknúť na pridať a vaše API bude vyzerať ako nižšie.
  • A. Teraz môžete pridať IP adresu a kliknúť na „Pridať novú IP“.
  • B. Kliknutím na ikonu aktualizácie môžete upraviť nastavenia rozhrania API.
  • C. Toto je vaše číslo tokenu, ktoré možno použiť na pripojenie k API. Môžete dokonca vytvoriť čiarový kód a skopírovať ho kliknutím na ikona.
 Poznámka: Poznámka: Ak chcete použiť túto funkciu, musíte si aktivovať Curl vo svojich preferenciách PHP. V systéme Linux nainštalujte balík PHP-Curl. V systéme Windows a pomocou nášho automatického inštalátora upravte PHP.ini a odkomentujte rozšírenia pre Curl (extension=php_curl.dll).

2. Ako používať API 

  • The communication dialogue between remote (third party) applications and LabCollector is based on HTTP 1.1 protocol. (*Ak chcete skontrolovať, čo je zdroj, pozrite si obrázok vyššie)

  • Prostriedok môžete upravovať, čítať, vytvárať alebo mazať pomocou GET, POST, PUT a DELETE metóda ako je znázornené na obrázku vyššie.
  • Môžete požiadať o úpravu a potom dostanete odpoveď na úpravu, ako je vysvetlené nižšie.
  • Napríklad účel sme použili Aplikácia POŠTÁR Nástroj pre API a rozhranie vyzerá nižšie.

  • As you can see in the above image you can type the API URL (for example link to LabCollector’s Strains & Cells module) and after you finish the modifications and hit send you will get a response.
    Ak je všetko v poriadku a požiadavka bola vykonaná, odpoveď bude vyzerať nižšie v aplikácii Postman.
  • 1. Tu si môžete vybrať spôsob vašej požiadavky. (GET, POST, PUT a DELETE)
  • 2. Požiadavka na API vyžaduje určité špecifické HTTP/HTTPS hlavičky.
  • 3. Súhlasím hlavička definuje požadovaný formát odpovede vašej požiadavky, text/XML (predvolené) alebo aplikáciu/JSON.
  • 4. X-LC-APP-Auth hlavička, do ktorej vložíte svoj aplikačný token, ktorý je potrebný na autorizáciu vašej požiadavky na API.
  • 5. X-LC-APP-charset header defines the character encoding of your application. It allows the API to send back the response with the appropriate encoding and to correctly convert your POST and PUT requests to the LabCollector’s character encoding (ISO 8859-1).

3. API for LabCollector: Uniform Resource Identifier (URI)

  • Uniform Resource Identifier (URI) je reťazec znakov, ktorý jednoznačne identifikuje konkrétny zdroj.
  • Prepis adresy URL ZAPNUTÝ (mod_rewrite)
    Poznámka: Musíte to urobiť vo svojom súbore Apache.

    [PATH_TO_LABCOLLECTOR]/webservice/v2/[MODULE]
  • Normálne adresy URL:

    [PATH_TO_LABCOLLECTOR]/webservice/v2/[MODULE]?name=[KEYWORD] 
  • To know more about the URI and how to use it with LabCollector, Prosím read our manual on LabCollector API strana 7-17.

4. Príklady API

  • Príklad kódov v C#
    string url = _Url.Replace("{id}", txtDataID.Text); var klient = new RestSharp.RestClient(url); klient.Časový limit = 900000; var request = new RestSharp.RestRequest(); request.Timeout = 900000; request.Metoda = Method.GET; request.AddHeader("X-LC-APP-Auth", token); request.AddHeader("Prijať", "text/xml"); //////////////////// IRestResponse response = client.Execute(request); reťazec výsledok = odpoveď.Obsah;
  • Príklad kódov v PHP:
    NA PRÍJEM INFORMÁCIÍ HLAVIČKY Z API $API_response = curl_exec($curl); curl_close($curl); echo $API_response; ?>
  • Príklad API na poslať súbor:
    <?php
    set_time_limit(0);
    $url = "http://xxxxxxxxxxx/webservice/index.php?v=2&module=plasmids&data_id=3";
    $file_path = 'zz_labcollector.rar';
    $file_info = getimagesize($file_path);
    $file_size = filesize($file_path);
    $update = array(
    'health_report_file[0]' => '@'.$file_path.";filename=zz_labcollector.rar;type=application/x-rar-compressed",
    'health_report_file[1]' => '@'.$file_path2.";filename=zz_labcollector2.rar;type=application/x-rar-compressed",
    'upload_mode' => 'add'
    );
    $curl = curl_init();
    curl_setopt($curl, CURLOPT_HTTPHEADER, array('X-LC-APP-Auth: TOKEN', 'Content-Type: '.$file_info['mime'])); 
    curl_setopt($curl, CURLOPT_URL, $url);
    curl_setopt($curl, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
    curl_setopt($curl, CURLOPT_POST, true);
    curl_setopt($curl, CURLOPT_CUSTOMREQUEST, "PUT");
    curl_setopt($curl, CURLOPT_POSTFIELDS, $update);
    curl_setopt($curl, CURLOPT_CONNECTTIMEOUT ,0);
    curl_setopt($curl, CURLOPT_TIMEOUT, 0);
    curl_setopt($curl, CURLOPT_HEADER, true); //OPTIONAL -> TO RECEIVE HEADER INFO FROM THE API
    $API_response = curl_exec($curl);
    curl_close($curl);
    echo($API_response);

5. LSM API

  • Lab Service Manager (LSM) je náš doplnok pre základné služby/testovacie laboratóriá.
  • Ako bolo vysvetlené vyššie, môžete nakonfigurovať pripojenie k doplnku LSM (začiarknutím políčka pred doplnkami), ako je znázornené na časť 1 vyššie.
  • Pomocou API môžete použiť metódu GET na čítanie/získavanie informácií o rôznych parametroch, ktoré používate v teste, ako je názov vzorky, stav testu, informácie o šarži, ID úlohy atď.
  • Prosím naše KB na LSM API.
  • To know more about the LSM API and how to use it with LabCollector, Prosím prečítajte si našu príručku k API strana 18-28.

6. ELN API

  • Elektronický laboratórny notebook (ELN) add-on is the replacement of a paper lab notebook. 
  • As explained before you can configure to connect to the ELN add-on (by checking the box in front of add-ons as shown in časť 1 vyššie.
  • Pomocou API môžete použiť metódu GET a POST na čítanie/získavanie informácií o údajoch kníh, experimentov a stránok.
  • Prosím naše KB zapnuté ELN API.
  • Ak sa chcete dozvedieť viac o ELN API and how to use it with LabCollector, Prosím read our manual on ELN API strana 29-30.

7. Workflow API *NOVÝ

  • Doplnok Workflow môžu využívať inštitúcie, ktoré chcú dodržiavať prísny protokol overovania krok za krokom.
  • LabCollector now offers to connect to workflow add-on with the help of API.
  • Pomocou rozhrania API pracovného toku teraz môžete vykonať danú úlohu alebo dokončiť uzol. (uzol je proces alebo krok v doplnku pracovného postupu)
  • To know more about the workflow API and how to use it with LabCollector, Prosím prečítajte si našu príručku k Workflow API.

8. Riešenie problémov (chybové hlásenia)

9. API služby Annex-Web

  • Príloha popisuje čisté adresy URL, ktoré sa majú používať, aby správne fungovali.
  • Príloha popisuje všetky URI, ktoré sa majú použiť s príslušným modulom a popisom a tiež vás informuje o metóde (PUT, POST, atď.), ktorá sa má na to použiť.
  • Musíte povoliť nástroju apache, aby používal URI popísané v prílohe. Čítajte alebo KB ďalej nastavenie webovej služby/apache.
  • To know more about the LSM API and how to use it with LabCollector, Prosím prečítajte si našu príručku k API strana 33-37.

Súvisiace témy: