TỔNG KẾT:

Inside LabCollector  có 13 theo các mô-đun mặc định, trong số đó bạn có thể tìm thấy Plasmid mô-đun

Mô-đun này không chỉ cung cấp cho bạn khả năng nhập các plasmid mà còn tạo ra các plasmid của riêng bạn với sự trợ giúp của phần mềm. Trình chỉnh sửa bản đồ Plasmid. Nhưng để truy cập tính năng này và có thể tạo các plasmid của mình, bạn cần phải làm theo các bước dưới đây.

In Trình chỉnh sửa bản đồ Plasmid, bạn có hai tùy chọn để tạo ra một plasmid, hoặc bạn tạo một plasmid bằng cách sửa đổi thiết kế cơ sở (để sử dụng tính năng này, tất cả những gì bạn cần làm là nhấp vào ) hoặc tạo một chuỗi từ đầu bằng cách nhập chuỗi DNA tương ứng của nó (để sử dụng tính năng này, bạn cần nhấp vào ).

1. Chế độ thiết kế

• Truy cập MODULE PLASMIDS -> BIÊN TẬP BẢN ĐỒ PLASMID

• Bạn cũng có thể chỉnh sửa bản ghi plasmid đã tồn tại bằng cách nhấp vào nó rồi chọn 'Trình tự và bản đồ' Tùy chọn.

• Sau khi hoàn tất, bạn sẽ thấy trang bên dưới.

• 1. Ở đây bạn có thể nhập plasmid tên và của mình kích thước trong các cặp bazơ (bp). Bạn cũng có thể phóng to và thu nhỏ plasmid bằng phím 'bán kính' Tùy chọn.
• 2. Khu vực này cung cấp cho bạn bản xem trước về giao diện của plasmid trong khi chỉnh sửa nó.
• 3. Tính năng phần này cho phép bạn thêm, ví dụ: một ORF (Khung đọc mở), một ORI (Nguồn gốc của sự sao chép) hoặc một loại kháng sinh (tetracycline, ampicillin, v.v.). Dưới đây là ảnh chụp màn hình với ví dụ về một số tính năng mà bạn có thể thêm.

Bạn sẽ không thể hình dung được tính năng này trừ khi bạn nhấp vào .

• 4. Tại đây bạn có thể nhập “Chú thích bổ sung“, chẳng hạn như các chuỗi mã hóa (CDS) hoặc vị trí liên kết mồi. Bạn cũng có thể thêm bất kỳ chú thích bổ sung nào khác mà bạn yêu cầu. Dưới đây là ảnh chụp màn hình với ví dụ về một số chú thích mà bạn có thể thêm.
  
• 5. Chú thích GenBank cho phép bạn thêm chú thích trực tiếp từ GenBank. Ví dụ: giả sử bạn đã tải xuống tệp plasmid từ GenBank và tải nó lên mô-đun plasmid. Nếu bạn muốn thêm các chú thích giống như những chú thích có trong GenBank, thì bạn có thể chọn trực quan hóa và thêm chúng vào plasmid của mình bằng cách đánh dấu vào “Bao gồm các chú thích GenBank" cái hộp.
• 6. Bạn cũng có thể thêm Trang web hạn chế vào plasmid của bạn. Xem ảnh chụp màn hình bên dưới để biết ví dụ.

• 7. Sau khi hoàn tất, bạn có thể lưu plasmid của mình bằng cách nhấp vào nút lưu sau khi đặt tên và nó sẽ tự động được thêm vào mô-đun plasmid.

2. Vẽ theo trình tự

• Khi vào bên trong Trình chỉnh sửa bản đồ Plasmid, bấm vào nằm ở trên cùng. Sau đó bạn sẽ thấy trang bên dưới.

• 1. Tại đây, bạn có thể sao chép-dán chuỗi DNA tương ứng với plasmid mà bạn muốn tạo ra (như minh họa trong ảnh chụp màn hình ở trên).

• 2. Ở đây bạn có một danh sách tất cả các enzyme có sẵn (ở bên trái) và một tab khác nằm ở bên phải dành cho enzyme hạn chế bạn sẽ sử dụng khi nhập chuỗi DNA của bạn.
  • Bạn có thể chọn một enzyme từ tab bên trái và nhấp vào Thêm nút để thêm nó vào danh sách các enzyme bạn sẵn sàng sử dụng và bạn cũng có thể loại bỏ những enzyme đã sẵn sàng để sử dụng bằng cách chọn chúng rồi nhấp vào nút xóa , sau đó chúng sẽ tự động được chuyển trở lại danh sách các enzyme có sẵn.
• 3. Ở đây bạn có một bảng với danh sách các mã di truyền khác nhau mà bạn có thể chọn, tùy thuộc vào bảng codon và loại loài bạn đang làm việc. (Xem ảnh chụp màn hình bên dưới để biết danh sách đầy đủ các bảng codon mà bạn có thể sử dụng).

• 4. Sau khi hoàn tất, nhấp vào “Nhập và vẽ!Nút ” để xem plasmid của bạn (dưới đây là ví dụ về plasmid được tạo ra dựa trên trình tự DNA của nó).

Chủ đề liên quan:

• Xem cách tải lên/nhập dữ liệu trong mô-đun plasmid và trình tự
• Kiểm tra cơ sở kiến ​​thức của chúng tôi về LabCollector Phiên bản cài đặt chung 6.11
• kiểm tra cách cài đặt tiện ích bổ sung
• Xem cách thực hiện tìm kiếm trong LabCollector