סיכום:

העורך המולקולרי קיים הן במודול הכימיה והן ELN.

ניתן להשתמש בעורך כימיה כדי ליצור מבנה כימי ולשמור אותו כרשומה. זה גם מספק לך את האפשרות לערוך מבנה מולקולה כימית שכבר קיים במודול הכימיה.

ב ELN תוסף (מחברת מעבדה אלקטרונית), ניתן להשתמש בו כדי ליצור מבנים כימיים דו מימדיים, שניתן להכניס בקלות ELN 'תוכן' או שניתן גם לשמור אותו כתבנית כימיה ב ELN.

כדי להשתמש בעורך מולקולות הכימיה, בצע את השלבים הבאים:

1. עורך הכימיה

1.1. מודול כימיה

1.2. ELN

2. כלים בעורך כימיה

1. עורך הכימיה

כפי שתואר במבוא, ניתן למצוא עורך כימיה הן במודולי הכימיה והן ELN תוסיף.
1.1. מודול כימיה
- ישנן 2 דרכים להשתמש בעורך הכימיה במודול הכימיה.
  - הדרך הראשונה היא ללכת לא מודול כימיה -> שיא חדש -> נתונים מולקולריים -> מבנה -> צייר מולקולה.
    – עורך הכימיה יפתח את העמוד למטה, המתואר בסעיף 2 בהרחבה.
  - הדרך השנייה היא ללכת לא מודול כימיה -> ערוך רשומה (כבר קיים) -> נתונים מולקולריים -> צייר מולקולה.
    – עורך הכימיה יפתח את העמוד למטה, המתואר בסעיף 2 בהרחבה.
1.2. ELN
- כדי לבדוק את שדות ברירת המחדל עבור כל מודול עבור אל עמוד הבית -> ספר / ניסוי או עמוד (לפי בחירתך) -> תוכן -> לערוך.
- ברגע שתלחץ על הסמל "הוסף מולקולות ותגובות" זה יפתח דף עם האפשרויות למטה.
- עליך ללחוץ על האפשרות "חדש" כדי לפתוח את עורך הכימיה המתואר להלן.

2. כלים בעורך כימיה

אפשרות א': מרכז בד
- זהו הקנבס שבו תראה את המולקולה שאתה יוצר.
אפשרות ב ': סרגל הכלים העליון
האפשרויות השונות כאן הן:
- אפשרויות ביטול וביצוע מחדש כדי לעקוב אחר פעולות.
- להביא/להתאים את המולקולה שלך במרכז הקנבס.
- החלף בין תוויות R/S. (S & R משמשים לשמות האננטיומרים של תרכובת כיראלית. זה מתייחס לשמאליות-S או יד ימין-R של מולקולה.)
  – לדוגמה, דמיינו אטום פחמן עם מרכז כיראלי, המחובר ל-4 אטומים.
  – כל אטום המחובר לאטום הכיראלי C מקבל עדיפות כאשר 1 הוא הגבוה ביותר ו-4 הוא הנמוך ביותר.
  – עדיפות ניתנת לפי מספר אטומי, ככל שהמספר האטומי גבוה יותר כך העדיפות גבוהה יותר.
- אפשרות זו היא לנקות את כל מה שעל הקנבס.
- אפשרות זו יוצרת את פורמט Mol ו-Smiles עבור המולקולות. אתה יכול להעתיק ולשמור אותו לשימוש עתידי.
  – היבוא כפתור מאפשר לך להדביק קבצי MOL, SMILES או InChI של מולקולה.
  – הייצוא כפתור מאפשר לך להעתיק את פורמט MOL או SMILES של המולקולה שיצרת.
  - InChI (מזהה כימי בינלאומי); SMILES (מפרט הזנת קו קלט מולקולרי פשוט הוא סימון ליניארי של המולקולה); MOL (MDL Molfile מכיל מידע על האטומים, הקשרים, הקישוריות והקואורדינטות של מולקולה.) לדוגמה, התמונה למטה מציגה את מולקולת הבנזן ואת הפורמטים השונים שבהם ניתן לייצג אותה.

- אפשרות זו מספרת לך על התוכנה והגרסה שלה.
- אפשרות תיאור/ניקוי דו-ממדית זו מאפשרת לך לשנות את כיוון המולקולה שלך.
- אפשרות חיפוש במילון כימי זה עוזרת לך לייבא מבנה מולקולה.
  – ניתן גם לערוך את המבנה שייבאת.
אפשרות ג': נכון סרגל כלים
האפשרויות השונות כאן הן:
- מבחר מלבני ולאסו. אלו סוגים שונים של כלים נבחרים.
  - בחירת מלבן: בחר אטומים וקשרים באמצעות אזור בחירה מלבני
  - בחירת לאסו: בחר אטומים וקשרים על ידי ציור אזור בחירה ביד חופשית
- אתה יכול למחוק את הבחירה באמצעות ד.א. מקש או באמצעות כלי המחק .
- אפשרות מטען זו מאפשרת להגדיל (+) או להקטין (-) את מטען האטומים.
- זה מאפשר לך להוסיף איזוטופ למבנה המולקולה שלך.
- השברים מאפשרים לך לקבל מבנה מוכן מראש של בנזן , ציקלופנטן , ציקלופרופן , ציקלובוטן , ציקלוהקסאן , ציקלוהפטן .
- זה מאפשר יצירת שרשרת של אטומי פחמן.
אפשרות D: שמאל סרגל כלים
- סרגל כלים זה מאפשר לך גם לבחור מתוך מספר אלמנטים שבהם תוכל להשתמש כדי ליצור אלמנט חדש או לשנות רכיב קיים.
- האטומים הקיימים הם מימן, גופרית, זרחן, פלורין, חמצן, חנקן ופחמן.
- אתה יכול להוסיף כאן אלמנט מותאם אישית. יסוד שאינו מוגדר, יחד עם אטומי המימן, ספירת אטומים כבדים (D) או ספירת אטומים טבעתיים (R).
  – אטומים כבדים הם, למשל, C, N, O, S, F, Cl, Br וכו'.
  – אטומי הטבעת הם אלו המהווים את החלק של הטבעת.
- סרגל הכלים מציע סוגים שונים של קשרים בודדים, כפולים, משולשים, למעלה.
אפשרות ה': הוסף
- לאחר שסיימת ליצור תרכובת, תוכל להוסיף אותו ולכלול אותו בתגובה שלך ולהכניס אותו לתוכן שלך ב- ELN ספר, ניסוי או כימיה.
- אתה יכול גם לשמור אותו כתבנית כפי שמוצג בסרטון למטה.
  * כדי לגשת לתבניות כימיה ב ELN אתה יכול ללכת ל אדמין -> תבנית -> הצג/ערוך תבנית תגובה.
  * זכור שאתה יכול להציג ולערוך תבנית תגובה בהתאם להרשאות שמנהל העל או האדמין נתנו לך. אנא בדוק את KB שלנו כדי לראות עוד על ELN הרשאות.