Si të ngarkoni/importoni të dhëna në modulet plazmide dhe sekuencash? - LabCollector

Kërkoni bazën e njohurive me fjalë kyçe

Ti je ketu:
← Të gjitha temat
PËRMBLEDHJE:

Moduli plazmid ju ofron të shtoni të dhëna (sekuencë) plazmide në modul. Kjo ju kursen telashet për të krijuar një hartë plazmide që në fillim. 
Për më tepër, nëse jeni duke shtuar një plazmid me një strukturë të ngjashme në një plazmid të njohur zakonisht, mund të shtoni informacionin e sekuencës nga GenBank dhe më pas ta modifikoni atë në 'Redaktori i Hartës Plasmid'.

Ju lehtë mund të importoni plazmide duke ndjekur hapat e mëposhtëm:

1. Kërkimi i të dhënave të GeneBank VETËM për sekuencën

  • 1a. Kërkoni të dhënat e GenBank dhe importoni skedarin 

2. Ngarkimi i skedarit GenBank

  • 2a. Ngarko sekuencat
  • 2b. Ngarko plazmide

1. Kërkimi i të dhënave GeneBank

Shkoni tek MODULI SEKUENCAVE ->

  • 1a. Kërkoni të dhënat e GenBank dhe importoni skedarin 

  • 1. Këtu do të shihni një skedë për kërkimin e GeneBank. Mund të shtoni drejtpërdrejt një fjalë kyçe dhe të kërkoni të dhëna.
    Për shembull, nëse dëshironi të kërkoni për sekuencën për Agrobacterium tumefaciens.
    2.Do të gjeni disa rezultate në lidhje me kërkimin of sekuencën përkatëse. 
    Ju mund të zgjidhni sekuencën e zgjedhjes suaj OSE mund të zgjidhni të gjithë sekuencën në listë dhe klikoni në 'Shto në LabCollector DB”.
    Sekuenca do të shihet në të dhënat e moduli i sekuencës pasi është një skedar Fasta që përmban informacione për sekuencën.
    3. Pasi të gjeni sekuencën që kërkoni, mund të klikoni në 'Shto në LabCollector Baza e të Dhënave (DB)”.
    SHËNIM:  Nëse ju klikoni në atëherë do të zgjidhen të gjitha rezultatet e kërkimit.

    2. Ngarkimi i skedarit GenBank

    Kur ju shkoni në MODULET E PLAZMIDEVE OSE SEKUENCAVE ->, do të shihni dy opsione: Ngarkoni "sekuencat" dhe "Plasmidet".

    • 2a. Ngarko sekuencat

    SHËNIM: Ky opsion është i lidhur me "Moduli i sekuencës” dhe jo moduli plazmid. Pra, çdo gjë e ngarkuar këtu do të ngarkohet në modulin e sekuencës.

    1. Mund të shkarkoni skedarin e GenBank (.gbk ose .gb) dhe ta ngarkoni këtë skedar në opsionin e sekuencës së ngarkimit.
    2. Mund të kopjoni të gjithë sekuencën dhe ta ngjisni, për shembull, në aplikacionin e bllokut të shënimeve dhe ta ruani si skedar .txt. Ky skedar .txt më pas mund të ngarkohet në opsionin e sekuencës së ngarkimit.

    TIPS: 
    – Mund të ngarkoni skedarin .gb, .gbk, .ape, .txt nga faqja e internetit që keni zgjedhur.
    – Mund ta ruani gjithashtu skedarin në format txt duke e riemërtuar skedarin dhe duke zëvendësuar shtesën .gb /.gbk me .txt.

     

    • 2b. Ngarko plazmide

    SHËNIM: Ky opsion është i lidhur me "Moduli i plazmideve“. Pra, çdo gjë e ngarkuar këtu do të ngarkohet në modulin plazmid.

     

    • Opsioni Upload Plasmids është i lidhur me "modulin plazmid", ku mund të ngarkoni sekuencat për plazmidin që dëshironi.
    • Ju mund të ndiqni të njëjtat hapa si në seksionin "2a. Ngarko sekuencat".
    • Kur ngarkoni skedarin, harta plazmide do të krijohet automatikisht nga skedari i importuar.
    TIPS: 
    – Mund të ngarkoni skedarët .gb, .gbk, .ape, .txt nga faqja e internetit e plasmidit që keni zgjedhur.
    – Mund ta ruani gjithashtu skedarin në format txt duke e riemërtuar skedarin dhe duke zëvendësuar shtesën .gb /.gbk me .txt.

     

    Temat e ndërlidhura: