Kaip įkelti/importuoti duomenis į plazmidžių ir sekos modulius? - LabCollector

Ieškokite žinių bazės pagal raktinį žodį

Tu esi čia:
← Visos temos
SANTRAUKA:

Plazmidės modulis siūlo į modulį įtraukti plazmidės duomenis (seką). Taip išvengsite vargo kuriant plazmidės žemėlapį nuo pat pradžių. 
Be to, jei pridedate panašios struktūros plazmidę į plačiai žinomą plazmidę, galite įtraukti sekos informaciją iš GenBank ir redaguoti ją 'Plasmid Map Editor'.

Galite lengvai importuoti plazmides atlikdami toliau nurodytus veiksmus.

1. GeneBank duomenų paieška TIK sekos

  • 1a. Ieškokite „GenBank“ duomenų ir importuokite failą 

2. GenBank failo įkėlimas

  • 2a. Įkelti sekas
  • 2b. Įkelti plazmidės

1. GeneBank duomenų paieška

Eiti į SEKOS MODULIS ->

  • 1a. Ieškokite „GenBank“ duomenų ir importuokite failą 

  • 1. Čia pamatysite „GeneBank“ paieškos skirtuką. Galite tiesiogiai pridėti raktinį žodį ir ieškoti duomenų.
    Pavyzdžiui, jei norite ieškoti sekos Agrobacterium tumefaciens.
    2.Rasite keletą su paieška susijusių rezultatų of atitinkama seka. 
    Galite pasirinkti seką, kurią norite pasirinkti, ARBA galite pasirinkti visą seką sąraše ir spustelėti „Pridėti prie“. LabCollector DB“.
    Seka bus matoma įrašuose sekos modulis nes tai Fasta failas, kuriame yra sekos informacija.
    3. Suradę ieškomą seką, galite spustelėti „Pridėti prie“. LabCollector Duomenų bazė (DB)“.
    PASTABA:  Jei paspausite ant tada bus pasirinkti visi paieškos rezultatai.

    2. GenBank failo įkėlimas

    Kai einate į PLAZMIDĖS AR SEKKO MODULIAI ->, pamatysite dvi parinktis: Įkelti „sekos“ ir „plazmidės“.

    • 2a. Įkelti sekas

    PASTABA: Ši parinktis yra prijungta prie „Sekos modulis“, o ne plazmidės modulis. Taigi viskas, kas čia įkelta, bus įkelta į sekos modulį.

    1. Galite atsisiųsti GenBank failą (.gbk arba .gb) ir įkelti šį failą įkėlimo sekos parinktyje.
    2. Galite nukopijuoti visą seką ir įklijuoti, pavyzdžiui, užrašų knygelėje ir išsaugoti kaip .txt failą. Tada šį .txt failą galima įkelti įkėlimo sekos parinktyje.

    PATARIMAI: 
    – Galite įkelti .gb, .gbk, .ape, .txt failą iš pasirinktos svetainės.
    – Taip pat galite išsaugoti failą txt formatu, pervardydami failą ir .gb /.gbk plėtinį pakeisdami .txt.

     

    • 2b. Įkelti plazmidės

    PASTABA: Ši parinktis yra prijungta prie „Plazmidžių modulis“. Taigi viskas, kas čia įkelta, bus įkelta į plazmidės modulį.

     

    • Parinktis Upload Plasmids yra prijungta prie „plazmidės modulio“, kur galite įkelti norimos plazmidės sekas.
    • Galite atlikti tuos pačius veiksmus, kaip ir skyriuje „2a. Įkelti sekas".
    • Kai įkeliate failą, plazmidės žemėlapis bus automatiškai sukurtas iš importuoto failo.
    PATARIMAI: 
    – Galite įkelti .gb, .gbk, .ape, .txt failą iš pasirinktos plazmidės svetainės.
    – Taip pat galite išsaugoti failą txt formatu, pervardydami failą ir .gb /.gbk plėtinį pakeisdami .txt.

     

    Susijusios temos: