POVZETEK:

Notranjost LabCollector  obstajajo 13 privzeto moduli, med katerimi najdete Plazmidi modul

Ta modul vam ne ponuja samo možnosti uvoza plazmidov, temveč tudi ustvarjanje lastnih s pomočjo Plasmid Map Editor. Če pa želite dostopati do te funkcije in lahko ustvarite svoje plazmide, boste morali slediti spodnjim korakom.

In urejevalnik zemljevidov plazmidov, imate dve možnosti za ustvarjanje plazmida, bodisi da ga ustvarite tako, da spremenite osnovno zasnovo (če želite uporabiti to funkcijo, morate samo klikniti ) ali ga ustvarite iz nič, tako da uvozite njegovo ustrezno zaporedje DNK (če želite uporabiti to funkcijo, morate klikniti ).

1. Način oblikovanja

• Pojdi na MODUL PLAZMIDI -> UREJEVALNIK PLAZMIDNIH ZEMLJEVIDOV

• Prav tako lahko uredite že obstoječi plazmidni zapis tako, da ga kliknete in nato izberete 'Zaporedje in zemljevid"možnost.

• Ko končate, boste videli spodnjo stran.

• 1. Tukaj lahko vnesete plazmide Ime in njegove velikost v baznih parih (bp). Plazmid lahko tudi povečate in pomanjšate z 'polmer"možnost.
• 2. To področje vam omogoča predogled, kako izgleda vaš plazmid, medtem ko ga urejate.
• 3. Lastnosti vam omogoča, da dodate na primer ORF (Odprti bralni okvir), an ori (Izvor replikacije) ali antibiotik (tetraciklin, ampicilin itd.). Spodaj je posnetek zaslona s primerom nekaterih funkcij, ki jih lahko dodate.

Funkcije si ne boste mogli vizualizirati, razen če kliknete gumb.

• 4. Tukaj lahko vnesete "Dodatne opombe“, kot so zaporedja kodiranja (CDS) ali vezavna mesta primerja. Dodate lahko tudi katero koli drugo dodatno opombo, ki jo potrebujete. Spodaj je posnetek zaslona s primerom nekaterih opomb, ki jih lahko dodate.
  
• 5. Opombe GenBank omogoča dodajanje opomb neposredno iz GenBank. Na primer, recimo, da ste prenesli plazmidno datoteko iz GenBank in jo naložili v plazmidni modul. Če želite dodati enake opombe kot tiste, ki so prisotne v GenBank, se lahko odločite, da jih vizualizirate in dodate v svoj plazmid tako, da obkljukate »Vključite opombe GenBank" škatla.
• 6. Lahko tudi dodate Omejitvena mesta na vaš plazmid. Za primer si oglejte spodnji posnetek zaslona.

• 7. Ko končate, lahko svoj plazmid shranite tako, da kliknete gumb za shranjevanje, potem ko ste mu dali ime, in samodejno bo dodan v modul plazmidov.

2. Risanje iz zaporedja

• Ko enkrat v Plasmid Map Editor, kliknite na ki se nahaja na vrhu. Nato boste videli spodnjo stran.

• 1. Tukaj lahko kopirate in prilepite zaporedje DNK, ki ustreza plazmidu, ki ga želite ustvariti (kot je prikazano na zgornjem posnetku zaslona).

• 2. Tukaj je seznam vse razpoložljive encime (na levi) in še en zavihek na desni strani za restrikcijskih encimov, ki jih boste uporabili pri uvozu vašega zaporedja DNK.
  • Na levem zavihku lahko izberete encim in kliknete na Dodaj gumb da ga dodate na seznam encimov, ki ste jih pripravljeni uporabiti, lahko pa tudi odstranite tiste, ki so pripravljeni za uporabo, tako da jih izberete in kliknete na gumb odstrani , bodo nato samodejno preneseni nazaj na seznam razpoložljivih encimov.
• 3. Tukaj imate tabelo s seznamom različnih genetskih kod, ki jih lahko izberete glede na tabelo kodonov in vrsto vrste, s katero delate. (Glejte spodnji posnetek zaslona za celoten seznam tabel kodonov, ki jih lahko uporabite).

• 4. Ko končate, kliknite »Uvozi in riši!” za ogled vašega plazmida (spodaj je primer plazmida, ustvarjenega na podlagi njegovega zaporedja DNK).

Povezane teme:

• Poglej kako naložiti/uvoziti podatke v modulih plazmidov in sekvenc
• Preverite našo zbirko znanja o LabCollector Splošna nastavitev, različica 6.11
• Preveri kako namestiti dodatke
• Poglej kako izvesti iskanje v LabCollector