Πώς να ξεκινήσετε με την ενότητα Sequences; - LabCollector

Αναζήτηση στη Γνωσιακή Βάση κατά λέξη-κλειδί

Είστε εδώ:
â † Όλα τα θέματα
ΠΕΡΊΛΗΨΗ:

Μπορείτε να ελέγξετε τη Γνωσιακή μας βάση πώς μοιάζει γενικά μια ενότητα.

Ακολουθήστε αυτά τα βήματα για να αποκτήσετε πρόσβαση στην ενότητα Sequences:

1. Ανοίξτε τη λειτουργική μονάδα Sequences

2. Ανοίξτε μια εγγραφή

1. Ανοίξτε τη λειτουργική μονάδα Sequences

  • 1. Αυτή η περιοχή θα σας δείξει το όνομα της ενότητας, το search επιλογές και σας επιτρέπουν να προσθέσετε ένα νέο ρεκόρ.
      - 1.1 Η επιλογή "Εισαγωγή δεδομένων GenBank" σάς βοηθά να προσθέσετε τις ακολουθίες απευθείας από τον ιστότοπο της GenBank. *Ελέγξτε το KB μας πώς να εισάγετε δεδομένα στη μονάδα πλασμιδίου, η διαδικασία για τις ακολουθίες εξηγείται στο KB.
      - 1.2 Η επιλογή "Blast new sequence" σάς βοηθά να κάνετε Blast ή Megablast μια ακολουθία.
    * Ελέγξτε τη βάση των γνώσεών μας πώς να κάνετε αναζήτηση LabCollector.
  • 2. ο   Οι επιλογές σάς επιτρέπουν να εξάγετε όλα τα αποτελέσματα αναζήτησης σε μορφή HTML, CSV, EXCEL, PDF. Μπορείτε επίσης να επιλέξετε το πεδίο που θέλετε να εξαγάγετε.
        Διαβάστε τη Γνωσιακή μας βάση για το τι είναι πεδία και αρχεία.
        Η Η επιλογή σάς επιτρέπει να απομνημονεύσετε όλες τις εγγραφές που μπορούν να χρησιμοποιηθούν περαιτέρω LabCollector.
  • 3. Τα αρχεία δεν θα εμφανίζονται γενικά στην αρχή. Πρέπει να κάνετε κλικ στο εικονίδιο αναζήτησης με ένα κενό πεδίο αναζήτησης και θα μπορείτε να δείτε όλες τις εγγραφές.

2. Ανοίξτε μια εγγραφή

  • Όταν κάνετε κλικ σε μια συγκεκριμένη εγγραφή, θα δείτε τις παρακάτω επιλογές.

  • A. Το όνομα της εγγραφής και οι λεπτομέρειες θα εμφανιστούν εδώ.
  • B. Οι επιλογές για την επεξεργασία της εγγραφής θα εμφανιστούν εδώ. Διαβάστε τη Γνωσιακή μας Βάση επιλογές επεξεργασίας εγγραφών.
  • C. Τα πεδία που σχετίζονται με την εγγραφή θα εμφανίζονται εδώ. Διαβάστε τη Γνωσιακή μας βάση για το τι είναι πεδία.
  • D. Αυτή η κάθετη γραμμή θα σας παρέχει τις επιλογές που σχετίζονται με την εγγραφή.
          

    Αυτό το εικονίδιο θα εμφανίσει την εγγραφή όπως φαίνεται στην παραπάνω εικόνα.
    Αυτή η επιλογή θα εμφανίσει όλες τις σχετικές εγγραφές. Για παράδειγμα, εάν έχετε δείγματα γονέα και παιδιού. Στη συνέχεια, όλα τα παιδικά δείγματα θα εμφανιστούν εδώ. ή εάν έχετε δημιουργήσει έναν σύνδεσμο για αυτήν την εγγραφή σε άλλες ενότητες, τότε όλες οι σχετικές εγγραφές θα είναι ορατές εδώ.
    Αυτή η επιλογή σάς εμφανίζει τη σειρά (5′-3′) και τον γραμμικό χάρτη της ακολουθίας με όλους τους σχολιασμούς στην προβολή FASTA, τη μορφή GB και τη μορφοποιημένη προβολή.
    Αυτή η επιλογή σάς βοηθά να διαχειριστείτε τους σχολιασμούς ακολουθιών. Για παράδειγμα, εάν πρόκειται για μια ακολουθία πλασμιδίου, τότε μπορείτε να προσθέσετε σχολιασμούς όπως ορισμένες θέσεις περιορισμού ή περιοχές προαγωγέα. Μπορείτε να παρατηρήσετε εδώ την αρχή/τέλος & τον προσανατολισμό (πίσω/εμπρός) ενός συγκεκριμένου σχολιασμού. Αυτό σημαίνει ότι όταν εισάγετε ή δημιουργείτε ένα πλασμίδιο, μπορείτε να επιλέξετε ποιους σχολιασμούς θέλετε να δείτε ή να διαγράψετε. Εάν εισάγετε αυτήν την ακολουθία στη μονάδα πλασμιδίου, θα δείτε αυτούς τους σχολιασμούς στον χάρτη πλασμιδίου.
    Αυτή η επιλογή σάς προσφέρει εργαλεία NCBI Blast όπου μπορείτε να εκτελέσετε ένα BLAST in LabCollector, εξωτερικές τοποθεσίες
    Αυτή η επιλογή σάς επιτρέπει να επεξεργαστείτε τη σειρά. Όταν ανεβάζετε ένα συσχετισμένο αρχείο, μπορείτε να επεξεργαστείτε τις βάσεις της ακολουθίας.

    Μπορείτε να δείτε την καρτέλα ανάλυση εδώ. Αυτό μπορεί να σας δείξει την τιμή ανάλυσης σε ημέρες ή ώρες. Μπορείτε να προσθέσετε τα προσαρμοσμένα πεδία της επιλογής σας εδώ.
    *Διαβάστε τη βάση της γνώσης μας πώς να προσθέσετε προσαρμοσμένα πεδία στην καρτέλα ανάλυση.

    Μπορείτε να συνδέσετε την εγγραφή με το σημειωματάριο του Ηλεκτρονικού Εργαστηρίου (ELN είναι ένα πρόσθετο LabCollector). Μπορείτε να συνδέσετε την εγγραφή με ένα συγκεκριμένο πείραμα που έχει πραγματοποιηθεί χρησιμοποιώντας το στοιχείο εγγραφής. Αυτό σας βοηθά να έχετε έναν σύνδεσμο για το πού χρησιμοποιήθηκε το στοιχείο εγγραφής και τα αποτελέσματα που ελήφθησαν στη συνέχεια.
    Αυτό το εικονίδιο σάς συνδέει με το πρόσθετο της ροής εργασίας (WF). LabCollector. Το πρόσθετο WF είναι αυτό όπου μπορείτε να δημιουργήσετε ένα διάγραμμα ροής της διαδικασίας σας όπου κάθε βήμα απαιτεί επικύρωση επόπτη. Εάν η εγγραφή χρησιμοποιείται σε πρόσθετο WF, τότε θα μπορείτε να δείτε την κατάστασή της στο WF εδώ.
  • E. Εδώ μπορείτε να αναζητήσετε τους εκκινητές στη μονάδα Primers που υβριδοποιούνται (συμπληρωματική σύζευξη του DNA/RNA) με το συγκεκριμένο νουκλεοτίδιο του πλασμιδίου στο άκρο 3'. Μπορείτε να επιλέξετε τον αριθμό των νουκλεοτιδίων που θέλετε να αναζητήσετε για τους εκκινητές. Όταν κάνετε κλικ στο "Do", το πρόγραμμα περιήγησης θα ανοίξει τη μονάδα primers και θα σας δείξει τη λίστα των συμπληρωματικών εκκινητών.
  • F. Εδώ μπορείτε να δείτε όλους τους συνδέσμους που έχετε δημιουργήσει για εγγραφή. Αυτοί οι σύνδεσμοι είναι προς τις άλλες εγγραφές σε άλλες ενότητες στο LabCollector. Για παράδειγμα, εάν έχετε ένα πλασμίδιο για ένα συγκεκριμένο βακτηριακό στέλεχος. Στη συνέχεια, μπορείτε να συνδέσετε την εγγραφή πλασμιδίου από τη μονάδα πλασμιδίου με τη βακτηριακή εγγραφή σε στελέχη και τη μονάδα κυττάρων. Μπορείτε να προσθέσετε έναν σύνδεσμο από LabCollector κάνοντας κλικ στην επιλογή «Προσθήκη συνδέσμου» και κάνοντας κλικ στην επιλογή «Άνοιγμα δέντρου» μπορείτε να δείτε τους συνδέσμους που συνδέονται με τις εγγραφές. 

Σχετικά θέματα: