Како направити ПЦР датотеку манифеста узорка користећи додатак за сортирање епрувета? - LabCollector

Претражите базу знања по кључној речи

Ви сте овде:
← Све теме
РЕЗИМЕ:

На вашој ПЦР машини, потребно је да наведете мапу плоче да бисте били сигурни да ћете правилно навести где се налазе узорци. У зависности од тога, након покретања ПЦР-а, датотека резултата ће бити генерисана за сваки узорак. Да бисте поједноставили овај процес, можете да генеришете датотеку манифеста узорка која садржи мапу плоча за покретање ПЦР узорака, користећи наш додатак за сортирање епрувета.

Молимо вас да пратите корак у наставку да направите узорак датотеке манифеста:

1. Отпремите датотеку узорка шаблона

2. Генеришите узорак датотеке манифеста

  • А. Коришћење карте кутије/плоче у складишту.
  • Б. Коришћење примања узорка

1. Отпремите датотеку узорка шаблона

  • У додатку за сортирање цеви потребно је да одете на „Подешавање“, а затим на „Управљање предлошцима“.
  • Овде можете да отпремите ЦСВ или ТКСТ датотеку за свој шаблон. 

  • Савети/Савети
    Пронаћи ћете шаблон за тестирање са ваше ПЦР машине. Ако је потребно, можемо вам помоћи да прилагодите шаблон према вашим захтевима.
  • Такође можете да кликнете на опцију „пронађи помоћ“ да бисте видели опције за генерисање узорка датотеке манифеста. Показаће вам искачући прозор који ће вам омогућити да видите које ознаке можете да користите у датотеци узорка манифеста.
  • Ова отпремљена датотека ће садржати информације попут примера на слици испод. Колона позиција ће дефинисати положај узорака у плочи. Остале колоне ће зависити од ПЦР протокола и захтева ваше МАШИНЕ.
    Можете отворити датотеку у ЦСВ формату ако желите, али морате да разграничите ЦСВ ако желите да је видите у формату испод.
    *Молимо прочитајте нашу Базу знања на како разграничити ЦСВ.

  • Када имате дупликате, можете поновити положај бунара. Као што видите на горњој слици примера. 
  • Позиција у овим хеш ознакама ће аутоматски бити преузета из LabCollector систем складиштења. Овај део је објашњен у следећем одељку.
  • Када ажурирате шаблон и отпремите га у сортер епрувета, онда можете лако да користите овај шаблон за сва тестирања узорака која обављате у свом ПЦР-у.
  • Можете да отпремите неколико шаблона и различитих величина ПЦР-а као што су 96 или 384, као и да спојите плоче помоћу сортера епрувета.

2. Генеришите узорак датотеке манифеста

А. Коришћење карте кутије/плоче у складишту

  • In LabCollector складиште можете креирати кутије или плоче са узорцима на одређеним позицијама и можете их користити за креирање датотека са узорцима манифеста. Можете креирати плоче или кутије и додати одређене узорке на одговарајуће позиције. 
    *Да бисте направили своје кутије или плоче, прочитајте базу знања на како поставити LabCollector складиштење.
    *Молимо погледајте нашу базу знања на како генерисати кутије модела.
  • Савети/Савети
    Можете да именујете плочу према датуму, да бисте их држали одвојено или да направите лажну локацију у лабораторији за складиштење свих плоча за које ћете да урадите трчање, тако да након тога можете да их избришете. 
    Кутије иако у претраживачу за складиштење могу имати замишљене кутије или плоче, само за креирање узорака манифест датотека. 
    Можете креирати узорке датотека манифеста користећи и додатак за пријем узорака. Процес за исто је објашњен у наставку у одељку 2 Део Б.
  • Када направите кутију/плочу за ваш ПЦР са узорцима на одређеним позицијама, тада такође блокирате бунарчиће за контролне узорке. На овај начин ниједан узорак неће бити похрањен чак ни случајно на тим положајима.
  • упозорење
    Када креирате модел за плочу за ПЦР и желите да блокирате бунаре, онда ће то бити могуће само са БОКС моделом и не модел плоче.
  • Да бисте блокирали позицију, потребно је само да изаберете ћелије кликом на знак + и ажурирате оквир као што су кораци објашњени у наставку.
    Ако желите да уклоните блокиране позиције, такође можете кликнути на 3Обриши све блокиране позиције и ажурирати модел.
  • Да бисте креирали узорак датотеке манифеста помоћу сортера тубе, идите на додатак и на почетној страници кликните на „Генериши узорак датотеке манифеста“. 
  • Видећете страницу испод, где треба да пронађете назив кутије/плоче коју сте претходно креирали; Можете чак и да додате неколико плоча заједно кликом на мали знак +. Када изаберете кутију/плочу 
  • Када кликнете на даље, видећете информације о узорцима унутар кутије или плоче;
    1. можете да изаберете пример датотеке манифеста помоћу падајуће листе (оне коју сте отпремили у одељку 1 изнад),
    2. Мик плоче вам омогућавају да изаберете неколико плоча и помешате положај узорака у њима помоћу сепаратора по вашем избору. На пример, када мешате, видећете
      Плоча_1 Положај А1 са Плате_2 Положај А1 или 
      Плате_1 Положај А2 са Плате_2 Положај А2, итд.
    3. Можете имати средње заглавље, што значи да ако одаберете неколико плоча без њиховог мешања, онда се плоче понављају у шаблону. Ове опције омогућавају да заглавља буду присутна између сваке плоче како би се одвојила једно од другог. Ако не изаберете ову опцију, заглавља за сваку плочу се неће појавити између шаблона.
    4. и кликните на генерисање датотеке манифеста.
      *Празна места у плочама ће изгледати празна и имаће коментар „Није пронађено“ испод сталка/тацне за колону.
      Позиција хештега ће бити попуњена именом узорка у шаблону манифеста узорка.
  • Када кликнете на дугме за генерисање датотеке манифеста, видећете искачући прозор да сачувате датотеку у ткт формату. Такође можете да отворите ткт или промените име датотеке тако што ћете променити екстензију из .ткт у .цсв док чувате датотеку.
  • Ово је датотека коју морате ручно пренети у ПЦР машину за покретање.

Б. Коришћење примања узорка

  • Можете креирати кутије/плоче директно унутар додатка за пријем узорка.
  • У пријему узорка можете да конфигуришете подешавања за свој пројекат. Овде можете одабрати кутију модела у којој креирате АДМИН -> СКЛАДИШТЕЊЕ -> МАНАГЕ СТОРАГЕ-> МОДЕЛС.
    * Прочитајте нашу базу знања на како да конфигуришете пријем узорака.
  • Можете креирати пакет у којем можете креирати плочу.
    *Молимо прочитајте нашу Базу знања на  како направити пакет и обрадити га.
    *Молимо прочитајте нашу Базу знања на како обрадити плоче у пријему узорка.
  • Можете да скенирате узорке бар кода да бисте додали узорке на различитим позицијама бунара који желите.
    *Ако имате кутију онда приликом израде модела можете блокирати позиције за контролне узорке, ако су увек стављени на исто место. Објашњено у одељку 2 изнад.
  • Ову кутију можете сачувати у замишљеној или лажној соби и опреми и користити је за креирање узорка датотеке манифеста. Као процес објашњен у одељку 3 А.
  • Узорак датотеке манифеста коју сте потом генерисали треба ручно пренети на машину.

Повезане теме: