IFREMER

Besoin de l'IFREMER pour un LIMS collaboratif

IFREMER a plus que 1 500 scientifiques qui étudient des échantillons marins et effectuent chaque jour des tests en laboratoire sur des centaines d'échantillons marins à l'aide de nombreux instruments divers. Avec plus de 26 équipes réparties sur 23 sites différents dans le monde, la priorité absolue pour l'IFREMER était de trouver un LIMS qui faciliterait ses activités quotidiennes de recherche en améliorant la gestion des ressources (instruments, échantillons de réactifs) et faciliterait la collaboration entre scientifiques et laboratoires, ce qui constituait un véritable défi. Le LIMS doit être capable de gérer les données de tous les laboratoires (expériences, échantillons, résultats), les équipements (instruments, dispositifs), les ressources (réactifs) et de les organiser en un seul endroit pour que les scientifiques puissent facilement accéder et rechercher des enregistrements particuliers leur permettant de collaborer. et travailler ensemble simultanément. « Devoir trier et réorganiser toutes nos données confidentielles et les conserver dans un logiciel facilement accessible, non seulement personnalisable mais également hautement sécurisé et offrant des solutions collaboratives, est important pour nous. Et c'est pourquoi nous avons choisi LabCollector» déclare Florian Nivert, Chef de projet IFREMER

LabCollector Solution LIMS pour l’IFREMER

LabCollector est un logiciel de gestion des informations de laboratoire (LIMS) complet dédié à la gestion des ressources de laboratoire. Il s'appuie sur des modules de données pour stocker tout type d'informations et une pile technologique de 20 modules complémentaires dédiés à des applications spécifiques de laboratoire. L'IFREMER a engagé la digitalisation de ses laboratoires grâce à LabCollector Modules et modules complémentaires LIMS, et continue d’élargir son utilisation. Les laboratoires IFREMER utilisent l'inventaire Modules de LabCollector tels que les réactifs et les fournitures, les instruments, les échantillons, les souches et les cellules, les structures chimiques, les animaux, les plasmides, les amorces, les séquences, les anticorps, les puces à ADN et les documents pour stocker les données brutes et les gérer. Plus de 20 ensembles de données spécifiques ont été créés à l'aide des modules douaniers de LabCollector et conçu par les scientifiques de l'IFREMER eux-mêmes pour stocker des milliers d'enregistrements spécifiques. LabCollectorL'ensemble des modules constitue une base de données complète de ressources et de données uniques pour l'IFREMER et intègre de puissantes fonctionnalités de recherche, d'organisation et de partage auxquelles se réfèrent chaque jour des centaines de scientifiques de l'IFREMER pour leurs travaux. Au sein de chaque laboratoire, la séparation des données par groupes d'utilisateurs permet la flexibilité de gestion des données nécessaire dont les scientifiques peuvent avoir besoin pour protéger, organiser et partager correctement leurs données au sein de leur laboratoire. Pour compléter la gestion des stocks dans LabCollector modules, pour chaque laboratoire, l'IFREMER s'est doté d'ensembles spécifiques de LabCollector des modules complémentaires pour répondre exactement aux besoins fonctionnels locaux de ses scientifiques :

ELN Module complémentaire (cahier de laboratoire électronique) est un remplacement complet du cahier de laboratoire papier et offre la polyvalence nécessaire pour enregistrer entièrement toutes les expériences et conserver des années de travail dans un endroit sécurisé à l'aide d'une interface Web conviviale. LabCollector ELN Ce module complémentaire permet aux scientifiques de l'IFREMER de numériser, d'organiser, de partager et de protéger intégralement leurs expériences et leurs résultats via un navigateur web (Chrome, Edge, Firefox, Safari) sur un ordinateur de bureau, une tablette ou un téléphone portable, à l'intérieur ou à l'extérieur de leur laboratoire.

Module complémentaire de planification Scheduler est un outil de réservation complet dédié à la gestion des équipements de laboratoire pour les équipes scientifiques de l'IFREMER. Ce module complémentaire leur permet de rechercher les équipements disponibles, de planifier des réservations, de visualiser les instruments disponibles et leur utilisation, d'identifier facilement les instruments libres et utilisés dans un calendrier intuitif, et d'extraire et d'afficher des statistiques d'utilisation via des tableaux de bord conviviaux. Scheduler simplifie considérablement le quotidien des laboratoires et constitue un outil essentiel pour une gestion efficace des ressources matérielles à l'IFREMER.

Module complémentaire de banque de photos est le LabCollector Outil dédié au stockage et à l'organisation de fichiers multimédias, il permet à l'IFREMER de conserver des images des multiples espèces de poissons rencontrées lors de campagnes scientifiques sur divers océans : les images sont téléchargées sous de nombreux formats différents dans LabCollectorLes images, classées par répertoires et annotées de métadonnées, permettent une classification et une documentation efficaces des espèces de poissons. Celles stockées dans la photothèque de l'IFREMER constituent une base de données essentielle sur la diversité de l'écosystème marin de notre planète.

Module complémentaire pour aquarium est dédiée à la gestion des installations de pisciculture de l'IFREMER. Il est utilisé par les scientifiques pour gérer les entrées, les transferts et les sorties des poissons des aquariums, et pour suivre le cycle de vie complet de chaque poisson, y compris sa croissance et son alimentation.

Module complémentaire LSM (Service de laboratoire) Manager) est utilisé à l'IFREMER pour la gestion des tests de routine effectués sur les échantillons collectés lors des campagnes en mer. Avec une approche très structurée mais flexible de la gestion des tests, chaque échantillon est correctement tracé avec une garantie complète de traçabilité de la saisie des résultats des tests.

Module complémentaire Query-Builder est utilisé par l'IFREMER pour exploiter tout le potentiel de la saisie et du stockage massif de données dans LabCollector Les modules. Parce que l'extraction de données complexes à partir d'une base de données volumineuse comme celle d'IFREMER peut s'avérer complexe pour les scientifiques ne possédant pas de connaissances en informatique, l'extension Query-Builder est utilisée comme un outil simple permettant de créer des requêtes de base de données grâce à un éditeur web visuel en ligne et de les exécuter. LabCollector en une source de données en temps réel pour une analyse plus approfondie en quelques clics seulement. Tous les scientifiques de l'IFREMER peuvent facilement rechercher et exporter des jeux de données relationnelles complexes depuis LabCollector en temps réel à des fins d'analyse statistique ou de reporting.

LabCrossRecherche est une nouvelle application en cours de mise en œuvre à l'IFREMER dédiée à exploiter tous les avantages de la recherche de données de plusieurs laboratoires d'une organisation de recherche vaste et complexe comme l'IFREMER via un moteur de recherche unique et facile à utiliser. Il permet aux scientifiques de partager facilement les données exactes qu'ils souhaitent avec les autres membres de l'équipe des autres laboratoires de l'IFREMER. Construit comme une barre de recherche simple mais puissante sur une page web, LabCrossSearch permet au personnel autorisé de l'IFREMER de rechercher des réactifs et fournitures, des instruments, des échantillons, des souches et des cellules, des structures chimiques, des animaux, des plasmides, des amorces, des séquences, des anticorps, des microarrays, des documents. ou toute donnée personnalisée contenue dans LabCollector modules de plusieurs laboratoires IFREMER avec une seule requête textuelle. LabCrossSearch exploite tout le potentiel collaboratif des scientifiques de l'IFREMER. L'IFREMER utilise également d'autres LabCollector Des modules complémentaires comme le module de réception d'échantillons permettent de gérer et d'accélérer la réception et le stockage de centaines d'échantillons dans des plaques et des boîtes, avec des processus de contrôle qualité pour chaque échantillon.

Module complémentaire de flux de travail a été introduit à l'IFREMER LabCollector écosystème pour orchestrer certains processus complexes de données de laboratoire. Doté d'un concepteur d'organigrammes graphiques intégré utilisant la souris dans une interface utilisateur Web conviviale, le module complémentaire Workflow permet aux scientifiques de l'IFREMER de construire et d'exécuter leurs propres processus de gestion de données selon leurs procédures internes, grâce à sa puissance de modélisation. « Le principal avantage pour nous est que LabCollector LIMS permet à l’IFREMER d’avoir une mutualisation efficace au sein de nos laboratoires. Nous utilisons différents modules pour chaque expertise et la possibilité d'avoir un lien entre chacun d'eux est pour nous obligatoire. LabCollector nous aide à valoriser toutes les données obtenues » déclare Florian Nivert, chef de projet à l'IFREMER.

Résultat : Succès de la digitalisation de l'IFREMER avec LabCollector

IFREMER utilise maintenant LabCollector depuis 2011 avec plus de 900 utilisateurs à travers 26 laboratoires différents situés partout dans le monde. Avec LabCollector L'IFREMER illustre une digitalisation réussie d'un grand organisme de recherche académique avec l'un des meilleurs LIMS web collaboratifs et ELN. Soutenu par un engagement fort de AgileBio en termes de soutien technique à l'IFREMER et de réactivité aux besoins exprimés de ses scientifiques, la relation entre AgileBio et l'IFREMER est fortement organisé et maintenu par le chef de projet LIMS pour l'IFREMER, Florian Nivert, et au fil des années nous avons construit un partenariat solide et efficace.

"Aujourd'hui, l'IFREMER poursuit sa transition vers le LabCollector système. Les scientifiques l'utilisent au quotidien et bénéficient d'outils collaboratifs. Avoir accès à des données claires et organisées depuis plus d'une décennie est l'une des raisons pour lesquelles l'IFREMER continue de se développer. LabCollector utilisation au sein de tous ses laboratoires. Nous sommes constamment en communication avec l'équipe d'assistance pour toute mise à jour à venir, les formations et les retours que nous pouvons avoir, grâce à leur disponibilité et leur rapidité de réponse, nous pouvons voir comment LabCollector grandit et s’améliore chaque jour. A ce jour, l'IFREMER est pleinement satisfait de LabCollector car il nous fournit continuellement d’excellentes solutions à nos besoins. " - Florian Nivert, Chef de projet IFREMER